卡斯珀

DOI:10.18129 / B9.bioc.casper

这个包适用于Bioconductor 3.8版;有关稳定的最新发布版本，请参见卡斯珀．

基于成对读的可选剪接的表征

Bioconductor版本:3.8

从配对端RNA-seq数据推断其他剪接。该模型基于跨外显子的路径计数，而不是成对的外显子连接，并非参数地估计片段大小和起始分布，提高了估计精度。

作者:David Rossell, Camille Stephan-Otto, Manuel Kroiss, Miranda Stobbe, Victor Pena

维护者:David Rossell

安装

要安装这个包，启动R (version "3.5")并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“鬼马小精灵”)

PDF		DesignRNASeq.pdf
PDF	R脚本	casper库的手册
PDF		参考手册

细节

biocViews	DifferentialExpression，GeneExpression，ImmunoOncology，RNASeq，测序，软件，转录
版本	2.16.1
在Bioconductor	BioC 2.12 (R-3.0)(6年)
许可证	GPL (> = 2)
取决于	R (>= 2.14.1)，Biobase，IRanges、方法、GenomicRanges
进口	BiocGenerics，coda，EBarrays，gaga，gtools，GenomeInfoDb，GenomicFeatures，limma，mgcv，Rsamtools，rtracklayer，S4Vectors(> = 0.9.25),sqldf，生存，VGAM
链接
建议
SystemRequirements
增强了	平行
URL
全靠我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	casper_2.16.1.tar.gz
Windows二进制	casper_2.16.1.zip(32位和64位)
Mac OS X 10.11 (El Capitan)	casper_2.16.1.tgz
源库	Git克隆https://git.bioconductor.org/packages/casper
源存储库(开发人员访问)	Git克隆git@git.bioconductor.org:packages/casper
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/casper/
软件包下载报告	下载数据