bumphunter

DOI:10.18129 / B9.bioc.bumphunter

此包适用于Bioconductor的3.8版本;有关稳定的最新发布版本，请参见bumphunter．

撞猎人

Bioconductor版本:3.8

在基因组数据中发现凸起的工具

作者:Rafael A. Irizarry [cre, aut]， Martin Aryee [aut]， Kasper Daniel Hansen [aut]， Hector Corrada Bravo [aut]， Shan Andrews [ctb]， Andrew E. Jaffe [ctb]， Harris Jaffee [ctb]， Leonardo Collado-Torres [ctb]

维护人:Rafael A. Irizarry

安装

要安装这个包，启动R(版本“3.5”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

对于较老版本的R，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请从R开始并输入:

browseVignettes(“bumphunter”)

PDF	R脚本	bumphunter用户指南
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	DNAMethylation，表观遗传学，ImmunoOncology，基础设施，MultipleComparison，软件
版本	1.24.5
在Bioconductor公司	BioC 2.12 (R-3.0)(6年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R (>= 3.5)，S4Vectors(> = 0.9.25),IRanges(> = 2.3.23),GenomeInfoDb，GenomicRanges，foreach，迭代器方法，并行，locfit
进口	matrixStats，limma，doRNG，BiocGenerics跑龙套,GenomicFeatures，AnnotationDbi,统计数据
链接
建议	testthat，RUnit，doParallel，org.Hs.eg.db，TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/ririzarr/bumphunter
全靠我	minfi
进口我	冠军，derfinder，dmrseq，methyvim，recountWorkflow
建议我	bigmelon，derfinderPlot，epivizrData，regionReport
给我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用这个包的说明。

源包	bumphunter_1.24.5.tar.gz
Windows二进制	bumphunter_1.24.5.zip
Mac OS X 10.11 (El Capitan)	bumphunter_1.24.5.tgz
源库	Git克隆https://git.bioconductor.org/packages/bumphunter
源存储库(开发人员访问)	Git克隆git@git.bioconductor.org:packages/bumphunter
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/bumphunter/
软件包下载报告	下载数据