biomformat

DOI:10.18129 / B9.bioc.biomformat

这个包适用于Bioconductor 3.8版;有关稳定的最新发布版本，请参见biomformat．

BIOM文件格式的接口包

Bioconductor版本:3.8

这是一个用于与BIOM格式进行接口的R包。这个包包括用于读取生物格式文件、从生物对象(比单个表更复杂)访问和设置数据表的基本工具，以及将生物对象写回生物格式文件的有限支持。这个API的设计旨在与python API和生物格式项目中包含的其他工具相匹配，但带有R用户应该熟悉的“R风格”。这包括S4类和方法，以及公共核心函数/方法的扩展。

作者:Paul J. McMurdie < McMurdie at stanford.edu>和Joseph N Paulson

维护者:Paul J. McMurdie < McMurdie at stanford.edu>

安装

要安装这个包，启动R (version "3.5")并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")::install("biomformat")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“biomformat”)

超文本标记语言	R脚本	生物格式包Vignette
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	DataImport，ImmunoOncology，宏基因组，微生物组，软件
版本	1.10.1
在Bioconductor	BioC 3.3 (R-3.3)(3年)
许可证	GPL-2
取决于	R(>= 3.2)，方法
进口	plyr(> = 1.8),jsonlite(> = 0.9.16),矩阵(> = 1.2),rhdf5
链接
建议	testthat(> = 0.10),knitr(> = 1.10),BiocStyle(> = 1.6),rmarkdown(> = 0.7)
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/joey711/biomformat/http://biom-format.org/
BugReports	https://github.com/joey711/biomformat/issues
全靠我
进口我	phyloseq
建议我	metagenomeSeq
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	biomformat_1.10.1.tar.gz
Windows二进制	biomformat_1.10.1.zip
Mac OS X 10.11 (El Capitan)	biomformat_1.10.1.tgz
源库	Git克隆https://git.bioconductor.org/packages/biomformat
源存储库(开发人员访问)	Git克隆git@git.bioconductor.org:packages/biomformat
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/biomformat/
软件包下载报告	下载数据