bamsignals

DOI:10.18129 / B9.bioc.bamsignals

这个包适用于Bioconductor 3.8版;有关稳定的最新发布版本，请参见bamsignals．

从bam文件中提取读计数信号

Bioconductor版本:3.8

这个包允许有效地从索引bam文件中获取计数向量。它计算给定基因组范围内的reads数量，并计算reads配置文件和覆盖配置文件。它还处理成对的端数据。

作者:Alessandro Mammana [aut, cre]， Johannes Helmuth [aut]

维护者:Alessandro Mammana < Mammana at molgen.mpg.de>

安装

要安装这个包，启动R (version "3.5")并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")::install("bamsignals")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“bamsignals”)

超文本标记语言	R脚本	bamsignals包的介绍
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	对齐，报道，DataImport，测序，软件
版本	1.14.0
在Bioconductor	BioC 3.1 (R-3.2)(4年)
许可证	GPL-2
取决于	R (>= 3.2.0)
进口	方法,BiocGenerics，Rcpp(> = 0.10.6),IRanges，GenomicRanges，zlibbioc
链接	Rcpp，Rhtslib(> = 1.13.1),zlibbioc
建议	testthat(> = 0.9),Rsamtools，BiocStyle，knitr，rmarkdown
SystemRequirements
增强了
URL
全靠我
进口我	AneuFinder，chromstaR，karyoploteR，normr
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	bamsignals_1.14.0.tar.gz
Windows二进制	bamsignals_1.14.0.zip(32位和64位)
Mac OS X 10.11 (El Capitan)	bamsignals_1.14.0.tgz
源库	Git克隆https://git.bioconductor.org/packages/bamsignals
源存储库(开发人员访问)	Git克隆git@git.bioconductor.org:packages/bamsignals
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/bamsignals/
软件包下载报告	下载数据