bamsignals

DOI:10.18129 / B9.bioc.bamsignals

这个包适用于Bioconductor 3.8版;有关稳定的最新发布版本,请参见bamsignals

从bam文件中提取读计数信号

Bioconductor版本:3.8

这个包允许有效地从索引bam文件中获取计数向量。它计算给定基因组范围内的reads数量,并计算reads配置文件和覆盖配置文件。它还处理成对的端数据。

作者:Alessandro Mammana [aut, cre], Johannes Helmuth [aut]

维护者:Alessandro Mammana < Mammana at molgen.mpg.de>

引文(从R内,输入引用(“bamsignals”)):

安装

要安装这个包,启动R (version "3.5")并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager", quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")::install("bamsignals")

对于R的旧版本,请参考相应的Bioconductor释放

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档,请启动R并输入:

browseVignettes(“bamsignals”)

超文本标记语言 R脚本 bamsignals包的介绍
PDF 参考手册
文本 新闻

细节

biocViews 对齐报道DataImport测序软件
版本 1.14.0
在Bioconductor BioC 3.1 (R-3.2)(4年)
许可证 GPL-2
取决于 R (>= 3.2.0)
进口 方法,BiocGenericsRcpp(> = 0.10.6),IRangesGenomicRangeszlibbioc
链接 RcppRhtslib(> = 1.13.1),zlibbioc
建议 testthat(> = 0.9),RsamtoolsBiocStyleknitrrmarkdown
SystemRequirements
增强了
URL
全靠我
进口我 AneuFinderchromstaRkaryoploteRnormr
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包 bamsignals_1.14.0.tar.gz
Windows二进制 bamsignals_1.14.0.zip(32位和64位)
Mac OS X 10.11 (El Capitan) bamsignals_1.14.0.tgz
源库 Git克隆https://git.bioconductor.org/packages/bamsignals
源存储库(开发人员访问) Git克隆git@git.bioconductor.org:packages/bamsignals
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/bamsignals/
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Bioconductor

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  • 支持网站-询问有关Bioconductor封装的问题
  • 正常词 邮件列表——供包开发人员使用bob电竞体育官网