这个包适用于Bioconductor 3.8版;有关稳定的最新发布版本,请参见arrayQualityMetrics.
Bioconductor版本:3.8
这个包为Bioconductor微阵列数据容器(ExpressionSet, NChannelSet, AffyBatch)中的数据生成微阵列质量度量报告。支持单色和双色阵列平台。
作者:奥黛丽·考夫曼,沃尔夫冈·胡贝尔
维护者:Mike Smith < Mike。史密斯在embl.de>
引文(从R内,输入引用(“arrayQualityMetrics”)
):
要安装这个包,启动R (version "3.5")并输入:
如果(!requireNamespace("BiocManager", quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")
对于R的旧版本,请参考相应的Bioconductor释放.
要查看系统中安装的此包版本的文档,请启动R并输入:
browseVignettes(“arrayQualityMetrics”)
R脚本 | 高级主题:自定义arrayQualityMetrics报告和输出的编程处理 | |
R脚本 | 简介:使用arrayQualityMetrics进行微阵列质量评估 | |
参考手册 | ||
文本 | 新闻 |
biocViews | 微阵列,OneChannel,质量控制,ReportWriting,软件,TwoChannel |
版本 | 3.38.0 |
在Bioconductor | BioC 2.1 (R-2.6)(11.5年) |
许可证 | LGPL (>= 2) |
取决于 | |
进口 | affy,affyPLM(> = 1.27.3),beadarray,Biobase,开罗(> = 1.4 6),genefilter,图形,grDevices,网格,gridSVG(> = 1.4 3),Hmisc,hwriter,晶格,latticeExtra,limma、方法、RColorBrewer,setRNG,统计,utils,vsn(> = 3.23.3),XML |
链接 | |
建议 | ALLMLL,亚兰,BiocStyle,knitr |
SystemRequirements | |
增强了 | |
URL | |
BugReports | https://github.com/grimbough/arrayQualityMetrics/issues |
全靠我 | maEndToEnd |
进口我 | 天哪 |
建议我 | |
链接到我 | |
构建报告 |
遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。
源包 | arrayQualityMetrics_3.38.0.tar.gz |
Windows二进制 | arrayQualityMetrics_3.38.0.zip |
Mac OS X 10.11 (El Capitan) | arrayQualityMetrics_3.38.0.tgz |
源库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/arrayQualityMetrics |
源存储库(开发人员访问) | git克隆git@git.bioconductor.org:packages/arrayQualityMetrics |
包短Url | //www.anjoumacpherson.com/packages/arrayQualityMetrics/ |
软件包下载报告 | 下载数据 |