Annotatr

doi：10.18129/b9.bioc.annotatr

该包适用于生物导体的3.8版；对于稳定的最新版本，请参阅Annotatr。

基因组区域对基因组注释的注释

生物导体版本：3.8

给定一组基因组位点/区域（例如芯片seq峰，CPG，差异化甲基化的CpG或区域，SNP等），研究相交的基因组注释通常是感兴趣的。这样的注释包括与基因模型（启动子，5'UTRS，外显子，内含子和3'UTRS），CPG（CPG岛，CPG海岸，CPG架子）或调节序列（例如增强子）有关的注释。AnnoTATR软件包提供了一种简单的方法来总结和可视化基因组位点/区域与基因组注释的交集。

作者：Raymond G. Cavalcante [AUT，CRE]，Maureen A. Sartor [THS]

维护者：Raymond G. Cavalcante

安装

要安装此软件包，请启动R（版本“ 3.5”）并输入：

if（！sireseenamespace（“ biocmanager”，悄悄= true））install.packages（“ biocmanager”）biocmanager :: install（“ annotatr”）

对于R的较旧版本，请参考适当的生物导体释放。

文档

要查看系统中安装此软件包的版本的文档，请启动R并输入：

browsevignettes（“ annotatr”）

html	R脚本	小插图标题
PDF		参考手册
文本		消息

细节

生物浏览	注解，，，，功能基因组学，，，，基因数，，，，软件，，，，可视化
版本	1.8.0
在生物导体中	Bioc 3.4（R-3.3）（2。5年）
执照	GPL-3
依靠	R（> = 3.4.0）
进口	AnnotationDbi，，，，AnnotationHub，，，，dplyr，，，，GenomicFeatures，，，，基因组机，，，，GenomeInfodB（> = 1.10.3），GGPLOT2，，，，iranges， 方法，readr，，，，区域人，，，，RESHAPE2，，，，rtracklayer，，，，S4VECTORS（> = 0.17.5），统计，utils
链接
建议	生物使用，，，，DevTools，，，，尼特，，，，org.dm.eg.db，，，，org.gg.eg.db，，，，org.hs.eg.db，，，，org.mm.eg.db，，，，org.rn.eg.db，，，，rmarkDown，，，，roxygen2，，，，测试，，，，txdb.dmelanogaster.ucsc.dm3.ensgene，，，，txdb.dmelanogaster.ucsc.dm6.ensgene，，，，txdb.ggallus.ucsc.galgal5.refgene，，，，txdb.hsapiens.ucsc.hg19，，，，txdb.hsapiens.ucsc.hg38.nown，，，，txdb.mmusculus.ucsc.mm9，，，，txdb.mmusculus.ucsc.mm10.nowngene，，，，txdb.rnorvegicus.ucsc.rn4.ensgene，，，，txdb.rnorvegicus.ucsc.rn5.refgene，，，，txdb.rnorvegicus.ucsc.rn6.refgene
系统要求
增强
URL
BugReports	https://www.github.com/rcavalcante/annotatr/issues
取决于我
进口我	DMRSEQ，，，，Scmeth
建议我
链接到我
构建报告

包装档案

跟随bob 体育网址 在R会话中使用此软件包的说明。

源包	annotatr_1.8.0.tar.gz
Windows二进制	annotatr_1.8.0.zip
Mac OS X 10.11（El Capitan）	annotatr_1.8.0.tgz
源存储库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/annotatr
源存储库（开发人员访问）	git clone git@git.bioconductor.org：packages/annotatr
包装短URL	//www.anjoumacpherson.com/packages/annotatr/
软件包下载报告	下载统计