注释

DOI:10.18129 / B9.bioc.annotate

这个包是3.8版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅注释

注释的微阵列

Bioconductor版本:3.8

使用R的环境进行注释。

作者:r .绅士

维修工:Bioconductor包维护者<维护者bioconductor.org >

从内部引用(R,回车引用(“注释”)):

安装

安装这个包,开始R(版本“3.5”)并输入:

如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“注释”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes(“注释”)

PDF R脚本 注释的概述
PDF R脚本 基本去使用
PDF R脚本 HowTo: HTML输出
PDF R脚本 HowTo:使用染色体信息
PDF R脚本 HOWTO:使用在线查询工具
PDF R脚本 使用Affymetrix探测水平数据
PDF R脚本 使用数据的包
PDF R脚本 使用相同的包
PDF 参考手册
文本 新闻

细节

biocViews 注释,,通路,软件
版本 1.60.1
Bioconductor自 BioC 1.6 (r - 2.1)或更早(> 14年)
许可证 艺术- 2.0
取决于 R (> = 2.10),AnnotationDbi(> = 1.27.5),XML
进口 Biobase,DBI,xtable、图形、跑龙套、统计数据、方法BiocGenerics(> = 0.13.8),RCurl
链接
建议 hgu95av2.db,genefilter,Biostrings(> = 2.25.10),IRanges,rae230a.db,rae230aprobe,tkWidgets,GO.db,org.Hs.eg.db,org.Mm.eg.db,hom.Hs.inp.db,humanCHRLOC,Rgraphviz,RUnit
SystemRequirements
增强了
URL
取决于我 ChromHeatMap,GeneAnswers,geneplotter,GOSim,GSEABase,染色体组型,macat,MGFM,MineICA,MLInterfaces,Neve2006,PCpheno,phenoTest,PREDA,PREDAsampledata,RpsiXML,sampleClassifier,ScISI,SemDist
进口我 咖啡馆,类别,categoryCompare,cn,codelink,debrowser,DOQTL,DrugVsDisease,facopy,gCMAP,gCMAPWeb,GeneAnswers,genefilter,GlobalAncova,globaltest,GOstats,光民,methyAnalysis,methylumi,MGFR,PathwaySplice,phenoTest,qpgraph,ReportingTools,ScISI,splicegear,systemPipeR,tigre
建议我 adme16cod.db,ag.db,ath1121501.db,BiocCaseStudies,BiocGenerics,biomaRt,bovine.db,canine.db,canine2.db,celegans.db,chicken.db,clariomdhumanprobeset.db,clariomdhumantranscriptcluster.db,clariomshumanhttranscriptcluster.db,clariomshumantranscriptcluster.db,clariomsmousehttranscriptcluster.db,clariomsmousetranscriptcluster.db,clariomsrathttranscriptcluster.db,clariomsrattranscriptcluster.db,drosgenome1.db,drosophila2.db,ecoli2.db,GenomicRanges,GGHumanMethCancerPanelv1.db,GSAR,GSEAlm,h10kcod.db,h20kcod.db,hcg110.db,hgfocus.db,hgu133a.db,hgu133a2.db,hgu133b.db,hgu133plus2.db,hgu219.db,hgu95a.db,hgu95av2.db,hgu95b.db,hgu95c.db,hgu95d.db,hgu95e.db,hguatlas13k.db,hgubeta7.db,hguDKFZ31.db,hgug4100a.db,hgug4101a.db,hgug4110b.db,hgug4111a.db,hgug4112a.db,hgug4845a.db,hguqiagenv3.db,hi16cod.db,hmdbQuery,hs25kresogen.db,Hs6UG171.db,HsAgilentDesign026652.db,hta20probeset.db,hta20transcriptcluster.db,hthgu133a.db,hthgu133b.db,hu35ksuba.db,hu35ksubb.db,hu35ksubc.db,hu35ksubd.db,hu6800.db,huex10stprobeset.db,huex10sttranscriptcluster.db,hugene10stprobeset.db,hugene10sttranscriptcluster.db,hugene11stprobeset.db,hugene11sttranscriptcluster.db,hugene20stprobeset.db,hugene20sttranscriptcluster.db,hugene21stprobeset.db,hugene21sttranscriptcluster.db,HuO22.db,hwgcod.db,IlluminaHumanMethylation27k.db,illuminaHumanv1.db,illuminaHumanv2.db,illuminaHumanv2BeadID.db,illuminaHumanv3.db,illuminaHumanv4.db,illuminaHumanWGDASLv3.db,illuminaHumanWGDASLv4.db,illuminaMousev1.db,illuminaMousev1p1.db,illuminaMousev2.db,illuminaRatv1.db,indac.db,JazaeriMetaData.db,LAPOINTE.db,lumiHumanAll.db,lumiMouseAll.db,lumiRatAll.db,m10kcod.db,m20kcod.db,maigesPack,metagenomeSeq,mgu74a.db,mgu74av2.db,mgu74b.db,mgu74bv2.db,mgu74c.db,mgu74cv2.db,mguatlas5k.db,mgug4104a.db,mgug4120a.db,mgug4121a.db,mgug4122a.db,mi16cod.db,miRBaseVersions.db,中长期规划,mm24kresogen.db,MmAgilentDesign026655.db,moe430a.db,moe430b.db,moex10stprobeset.db,moex10sttranscriptcluster.db,mogene10stprobeset.db,mogene10sttranscriptcluster.db,mogene11stprobeset.db,mogene11sttranscriptcluster.db,mogene20stprobeset.db,mogene20sttranscriptcluster.db,mogene21stprobeset.db,mogene21sttranscriptcluster.db,mouse4302.db,mouse430a2.db,mpedbarray.db,mta10probeset.db,mta10transcriptcluster.db,mu11ksuba.db,mu11ksubb.db,Mu15v1.db,mu19ksuba.db,mu19ksubb.db,mu19ksubc.db,Mu22v3.db,mwgcod.db,Norway981.db,nugohs1a520180.db,nugomm1a520177.db,OperonHumanV3.db,org.Ag.eg.db,org.At.tair.db,org.Bt.eg.db,org.Ce.eg.db,org.Cf.eg.db,org.Dm.eg.db,org.Dr.eg.db,org.EcK12.eg.db,org.EcSakai.eg.db,org.Gg.eg.db,org.Hs.eg.db,org.Mm.eg.db,org.Mmu.eg.db,org.Pf.plasmo.db,org.Pt.eg.db,org.Rn.eg.db,org.Sc.sgd.db,org.Ss.eg.db,org.Xl.eg.db,PartheenMetaData.db,pcxn,pedbarrayv10.db,pedbarrayv9.db,POCRCannotation.db,porcine.db,彪马,r10kcod.db,rae230a.db,rae230b.db,raex10stprobeset.db,raex10sttranscriptcluster.db,ragene10stprobeset.db,ragene10sttranscriptcluster.db,ragene11stprobeset.db,ragene11sttranscriptcluster.db,ragene20stprobeset.db,ragene20sttranscriptcluster.db,ragene21stprobeset.db,ragene21sttranscriptcluster.db,rat2302.db,rgu34a.db,rgu34b.db,rgu34c.db,rguatlas4k.db,rgug4105a.db,rgug4130a.db,rgug4131a.db,ri16cod.db,RnAgilentDesign028282.db,RnBeads,rnu34.db,Roberts2005Annotation.db,rta10probeset.db,rta10transcriptcluster.db,rtu34.db,rwgcod.db,SHDZ.db,siggenes,SummarizedExperiment,u133x3p.db,xlaevis.db,yeast2.db,ygs98.db,zebrafish.db
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包 annotate_1.60.1.tar.gz
Windows二进制 annotate_1.60.1.zip
Mac OS X 10.11(埃尔卡皮坦) annotate_1.60.1.tgz
源库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/annotate
源库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:包/注释
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/annotate/
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