VegaMC

DOI:10.18129 / B9.bioc.VegaMC

此包适用于Bioconductor的3.8版本;有关稳定的最新发布版本，请参见VegaMC．

VegaMC:一个实现变分分段平滑模型的包，用于识别癌症驱动染色体失衡

Bioconductor版本:3.8

该软件包能够检测驱动染色体失衡，包括从阵列比较基因组杂交(aCGH)数据中丢失杂合性(LOH)。VegaMC对数据集进行联合分割，并使用统计框架来区分司机和乘客突变。VegaMC的实现使其能够立即与PennCNV工具的输出进行集成。此外，VegaMC在输出中生成两个网页，允许在检测区域和改变的基因之间进行快速导航。在总结改变基因的网页中，报告了到各自的ensemble基因网页的链接。

作者:S. Morganella和M. Ceccarelli

维护者:Sandro Morganella

安装

要安装这个包，启动R(版本“3.5”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

对于较老版本的R，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请从R开始并输入:

browseVignettes(“VegaMC”)

PDF	R脚本	VegaMC
PDF		参考手册

细节

biocViews	CopyNumberVariation，软件，aCGH
版本	3.20.0
在Bioconductor公司	BioC 2.10 (R-2.15)(7年)
许可证	GPL-2
取决于	R (>= 2.10.0)，biomaRt，Biobase
进口	方法,genoset
链接
建议
SystemRequirements
增强了
URL
全靠我
进口我
建议我
给我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用这个包的说明。

源包	VegaMC_3.20.0.tar.gz
Windows二进制	VegaMC_3.20.0.zip(32- & 64位)
Mac OS X 10.11 (El Capitan)	VegaMC_3.20.0.tgz
源库	git clone https://git.bioconductor.org/packages/VegaMC
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/VegaMC
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/VegaMC/
软件包下载报告	下载数据