VariantAnnotation

DOI:10.18129 / B9.bioc.VariantAnnotation

这个包适用于Bioconductor 3.8版;有关稳定的最新发布版本，请参见VariantAnnotation．

遗传变异的注释

Bioconductor版本:3.8

注释变体，计算氨基酸编码变化，预测编码结果。

作者:Valerie Obenchain [aut, cre]， Martin Morgan [aut]， Michael Lawrence [aut]， Stephanie Gogarten [ctb]

维护者:Valerie Obenchain < bioconductor.org的维护者>

安装

要安装这个包，启动R (version "3.5")并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") BiocManager::install("VariantAnnotation")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“VariantAnnotation”)

PDF	R脚本	1.VariantAnnotation介绍
PDF	R脚本	2.使用filterVcf从VCF文件中选择变量
PDF		参考手册
文本		新闻
视频		读取VCF数据

细节

biocViews	注释，DataImport，遗传学，单核苷酸多态性，测序，软件，VariantAnnotation
版本	1.28.13
在Bioconductor	BioC 2.9 (R-2.14)(7.5年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R(>= 2.8.0)，方法，BiocGenerics(> = 0.15.3),GenomeInfoDb(> = 1.15.2),GenomicRanges(> = 1.31.8),SummarizedExperiment(> = 1.9.9),Rsamtools(> = 1.33.6)
进口	跑龙套,DBI，zlibbioc，Biobase，S4Vectors(> = 0.17.24),IRanges(> = 2.13.13),XVector(> = 0.19.7),Biostrings(> = 2.47.6),AnnotationDbi(> = 1.27.9),rtracklayer(> = 1.39.7),BSgenome(> = 1.47.3),GenomicFeatures(> = 1.31.3)
链接	S4Vectors，IRanges，XVector，Biostrings，Rsamtools
建议	RUnit，AnnotationHub，BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19，TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene，SNPlocs.Hsapiens.dbSNP.20101109，SIFT.Hsapiens.dbSNP132，SIFT.Hsapiens.dbSNP137，PolyPhen.Hsapiens.dbSNP131，snpStats，ggplot2，BiocStyle
SystemRequirements
增强了
URL
全靠我	ampliQueso，注释，cgdv17，CNVrd2，deepSNV，DOQTL，ensemblVEP，genotypeeval，GoogleGenomics，HelloRanges，HTSeqGenie，igvR，MTseeker，myvariant，PolyPhen.Hsapiens.dbSNP131，PureCN，R453Plus1Toolbox，RareVariantVis，Rariant，seqCAT，测序，SIFT.Hsapiens.dbSNP132，SIFT.Hsapiens.dbSNP137，签名者，SomaticSignatures，VariantFiltering，变体，VariantTools，VariantToolsData
进口我	AllelicImbalance，appreci8R，BadRegionFinder，BBCAnalyzer，biovizBase，COSMIC.67，customProDB，DominoEffect，FunciSNP，GA4GHclient，genbankr，GenomicFiles，GenVisR，ggbio，GGtools，gmapR，gQTLstats，gwascat，gwasurvivr，icetea，ldblock，MADSEQ，methyAnalysis，motifbreakR，MTseekerData，MutationalPatterns，PGA，scoreInvHap，SNPhood，systemPipeR，TitanCNA，TVTB，Uniquorn，YAPSA，yriMulti
建议我	AnnotationHub，AshkenazimSonChr21，BiocParallel，cellbaseR，CrispRVariants，GenomicRanges，GenomicScores，GeuvadisTranscriptExpr，GWASTools，omicsPrint，podkat，旅游房车，SeqArray，trackViewer，三人组，vtpnet
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	VariantAnnotation_1.28.13.tar.gz
Windows二进制	VariantAnnotation_1.28.13.zip
Mac OS X 10.11 (El Capitan)	VariantAnnotation_1.28.13.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/VariantAnnotation
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/VariantAnnotation
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/VariantAnnotation/
软件包下载报告	下载数据