TitanCNA

DOI:10.18129 / B9.bioc.TitanCNA

这个包是3.8版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅TitanCNA。

Subclonal拷贝数和LOH预测肿瘤的全基因组测序

Bioconductor版本:3.8

隐马尔科夫模型部分和预测区域subclonal拷贝数改变(CNA)和杂合性丢失(LOH),并估计在肿瘤细胞克隆集群的prevalenece全基因组测序数据。

作者:加文·哈,索拉博P沙

维护者:索拉博加文•哈< gavinha broadinstitute.org > P沙< sshah在bccrc.ca >

安装

安装这个包,开始R(版本“3.5”)并输入:

如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“TitanCNA”)

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文档

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PDF	R脚本	TitanCNA.pdf
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文本		新闻

细节

biocViews	CopyNumberVariation,DNASeq,ExomeSeq,遗传学,GenomicVariation,HiddenMarkovModel,ImmunoOncology,测序,软件,StatisticalMethod,WholeGenome
版本	1.20.1
Bioconductor自	BioC 2.14 (r - 3.1)(5年)
许可证	GPL-3
取决于	R (> = 3.3.2)
进口	IRanges(> = 2.6.1),GenomicRanges(> = 1.24.3),VariantAnnotation(> = 1.18.7),foreach(> = 3),Rsamtools(> = 1.24.0),GenomeInfoDb(> = 1.8.7),data.table(> = 1.10.4),dplyr(> = 0.5.0)
链接
建议
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/gavinha/TitanCNA
取决于我
进口我
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包档案

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源包	TitanCNA_1.20.1.tar.gz
Windows二进制	TitanCNA_1.20.1.zip
Mac OS X 10.11(埃尔卡皮坦)	TitanCNA_1.20.1.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/TitanCNA
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ TitanCNA
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/TitanCNA/
包下载报告	下载数据