TVTB
doi：10.18129/b9.bioc.tvtb
该包适用于生物导体的3.8版；对于稳定的最新版本，请参阅TVTB。
TVTB：VCF工具箱
生物导体版本：3.8
该软件包提供了S4类和方法来过滤，总结和可视化VCF文件中存储的遗传变异数据。特别是，该软件包扩展了FilterRules类（S4VECTORS软件包），以定义适用于VCF对象各个插槽的过滤器规则的新闻类别。功能是在闪亮的Web应用程序中集成和演示的，即闪亮的变体资源管理器（TSVE）。
作者：Kevin Rue-Albrecht [AUT，CRE]
维护者：kevin rue-albrecht
引用（从r内，输入引用（“ TVTB”））：
安装
要安装此软件包，请启动R（版本“ 3.5”）并输入：
if（！sireseenamespace（“ biocmanager”，悄悄= true））install.packages（“ biocmanager”）biocmanager :: install（“ tvtb”）
对于R的较旧版本，请参考适当的生物导体释放。
文档
要查看系统中安装此软件包的版本的文档，请启动R并输入：
Browsevignettes（“ TVTB”）
| html | R脚本 | TVTB简介 |
| R脚本 | 闪亮的变体探险家 | |
| html | R脚本 | VCF过滤器规则 |
| 参考手册 | ||
| 文本 | 消息 |
细节
| 生物浏览 | 结盟，，，，覆盖范围，，，，dnaseq，，，，DataImport，，，，datarepresentation，，，，GUI，，，，遗传因素，，，，遗传学，，，，基因组变量，，，，多重组合，，，，测序，，，，测序，，，，软件，，，，变体，，，，可视化，，，，全媒体 |
| 版本 | 1.8.0 |
| 在生物导体中 | Bioc 3.4（R-3.3）（2。5年） |
| 执照 | 艺术2.0 |
| 要看 | r（> = 3.4），方法，utils，stats |
| 进口 | AnnotationFilter，，，，生物基因（> = 0.25.1），生物比较，，，，生物弦，，，，Ensembldb，，，，ememblvep，，，，GenomeInfodB，，，，基因组机，，，，ggally，，，，GGPLOT2，，，，GVIZ，，，，林玛，，，，iranges（> = 2.7.1），RESHAPE2，，，，rsamtools，，，，S4VECTORS（> = 0.11.11），总结性特征，，，，变体（> = 1.19.9） |
| 链接 | |
| 建议 | ensdb.hsapiens.v75（> = 0.99.7），闪亮的（> = 0.13.2.9005），DT（> = 0.1.67），rtracklayer，，，，生物使用（> = 2.5.19），尼特（> = 1.12），rmarkDown，，，，测试，，，，COVR，，，，潘德 |
| 系统要求 | |
| 增强 | |
| URL | https://github.com/kevinrue/tvtb |
| BugReports | https://github.com/kevinrue/tvtb/issues |
| 取决于我 | |
| 进口我 | |
| 建议我 | |
| 链接到我 | |
| 构建报告 |
包装档案
跟随bob 体育网址 在R会话中使用此软件包的说明。
| 源包 | TVTB_1.8.0.TAR.GZ |
| Windows二进制 | |
| Mac OS X 10.11（El Capitan） | TVTB_1.8.0.TGZ |
| 源存储库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/tvtb |
| 源存储库（开发人员访问） | git clone git@git.bioconductor.org：packages/tvtb |
| 包装短URL | //www.anjoumacpherson.com/packages/tvtb/ |
| 软件包下载报告 | 下载统计 |
