tsrchitect

doi：10.18129/b9.bioc.tsrchitect

该包适用于生物导体的3.8版；对于稳定的最新版本，请参阅tsrchitect。

大规模TSS分析数据的启动子识别

生物导体版本：3.8

近年来，大规模的转录序列数据对真核生物中基因表达和调节的性质产生了相当大的见解。识别mRNA的5端的技术，最著名的是笼子，已在许多模型生物体中绘制了启动子景观。由于TSS分布的可变性和数据集中存在的转录噪声，因此准确地识别了这些数据集的基因的活动启动子。TSRCHITECT允许用户从多种TSS分析数据类型（包括单端（例如笼子）和配对端（RAMPAGE，PEAT，Stripe-，Stripe-，Stripe-，stripe-SEQ）。此外，（新版本1.3.0）tsrchitect还提供了导入对齐的EST和cDNA数据的能力。与已识别的TSR的坐标一起，TSRCHITECT还计算了形状索引的宽度，丰度和两种形式，并处理生物学重复以表达表达分析。最后，tsrchitect导入注释文件，使用户可以将确定的启动子与基因和其他基因组特征相关联。此软件包中包含的用户指南中提供了三个详细的tsrchitect实用程序示例。

作者：R。TaylorRaborn [AUT，CRE，CPH] Volker P. Brendel [AUT，CPH] Krishnakumar Sridharan [CTB]

维护者：R。TaylorRaborn <印第安纳州的Rtraborn>

安装

要安装此软件包，请启动R（版本“ 3.5”）并输入：

if（！sireseenamespace（“ biocmanager”，悄悄= true））install.packages（“ biocmanager”）biocmanager :: install（“ tsrchitect”）

对于R的较旧版本，请参考适当的生物导体释放。

文档

要查看系统中安装此软件包的版本的文档，请启动R并输入：

browsevignettes（“ tsrchitect”）

PDF		TSRCHITECT用户指南
html		TSRCHITECT用户指南
html	R脚本	tsrchitect小插图
PDF		参考手册
文本		消息

细节

生物浏览	聚类，，，，功能基因组学，，，，基因表达，，，，结肠管制，，，，基因数，，，，测序，，，，软件，，，，转录
版本	1.8.9
在生物导体中	Bioc 3.5（R-3.4）（2年）
执照	GPL-3
要看	R（> = 3.5）
进口	AnnotationHub，，，，生物基因，，，，生物比较，，，，基因组签名，，，，GenomeInfodB，，，，基因组机，，，，gtools，，，，iranges， 方法，rsamtools（> = 1.14.3），rtracklayer，，，，S4VECTORS，，，，总结性特征，UTILS
链接
建议	EncodeXplorer，，，，GGPLOT2，，，，尼特，，，，rmarkDown
系统要求
增强
URL	https://github.com/brendelgroup/tsrchitect
BugReports	https://github.com/brendelgroup/tsrchitect/issues
取决于我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包装档案

跟随bob 体育网址 在R会话中使用此软件包的说明。

源包	tsrchitect_1.8.9.tar.gz
Windows二进制	tsrchitect_1.8.9.zip（32-和64位）
Mac OS X 10.11（El Capitan）	tsrchitect_1.8.9.tgz
源存储库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/tsrchitect
源存储库（开发人员访问）	git clone git@git.bioconductor.org：packages/tsrchitect
包装短URL	//www.anjoumacpherson.com/packages/tsrchitect/
软件包下载报告	下载统计