TRONCO

DOI:10.18129 / B9.bioc.TRONCO

这个包适用于Bioconductor 3.8版;有关稳定的最新发布版本，请参见TRONCO．

TRONCO，一个用于转化肿瘤学的R包

Bioconductor版本:3.8

TRONCO(转化肿瘤学)R包收集算法，通过Suppes-Bayes因果网络方法从肿瘤集合(横断面样本)和单个患者(多区域或单细胞样本)中推断进展模型。该软件包提供并行实现的算法，处理二进制矩阵，其中每一行代表一个肿瘤样本，每列代表一个单核苷酸或驱动进展的结构变体;0/1值表示样本中是否存在该改变。该工具可以从普通、MAF或GISTIC格式文件中导入数据，也可以从癌症基因组学cBioPortal中获取数据。提供了数据操作和可视化的功能，以及将这些数据导入/导出到其他生物信息学工具的功能，例如，聚类或检测互斥变化。推断的模型可以通过引导和交叉验证来可视化和测试它们的置信度。TRONCO用于实现癌症推断管道(Pipeline for Cancer Inference, PICNIC)。

作者:Marco Antoniotti [ctb]， Giulio Caravagna [aut, cre]， Luca De Sano [aut]， Alex Graudenzi [aut]， Giancarlo Mauri [ctb]， Bud Mishra [ctb]， Daniele Ramazzotti [aut]

维护者:Luca De Sano

安装

要安装这个包，启动R (version "3.5")并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“TRONCO”)

PDF	R脚本	转化肿瘤学的R包
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	贝叶斯，BiomedicalInformatics，聚类，DataImport，GraphAndNetwork，ImmunoOncology，网络，NetworkInference，SingleCell，软件，SomaticMutation
版本	2.14.2
在Bioconductor	BioC 3.1 (R-3.2)(4年)
许可证	文件许可
取决于	R (>= 3.5)
进口	bnlearn，Rgraphviz，gtools平行,foreach，doParallel，迭代器，RColorBrewer，circlize，cgdsr，igraph、网格gridExtra，xtable，gtable，尺度，R.matlab， grDevices，图形，统计，utils，方法
链接
建议	BiocGenerics，BiocStyle，testthat，knitr，rWikiPathways
SystemRequirements
增强了
URL	https://sites.google.com/site/troncopackage/
BugReports	https://github.com/BIMIB-DISCo/TRONCO
全靠我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	TRONCO_2.14.2.tar.gz
Windows二进制	TRONCO_2.14.2.zip
Mac OS X 10.11 (El Capitan)	TRONCO_2.14.2.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/TRONCO
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/TRONCO
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/TRONCO/
软件包下载报告	下载数据