TFBSTOOLS
doi：10.18129/b9.bioc.tfbstools
该包适用于生物导体的3.8版；对于稳定的最新版本，请参阅TFBSTOOLS。
转录因子结合位点（TFB）分析的软件包
生物导体版本：3.8
TFBStools是用于分析和操纵转录因子结合位点的包装。它包括位置频率Matirx（PFM），位置重量Matirx（PWM）和信息内容矩阵（ICM）之间的矩阵转换。它还可以从序列/对齐，查询jaspar数据库中扫描推定的TFB，并提供从头图案发现软件的包装器。
作者：Ge Tan [AUT，CRE]
维护者：ge tan
引用（从r内，输入引用（“ TFBStools”））：
安装
要安装此软件包，请启动R（版本“ 3.5”）并输入：
if（！sireseenamespace（“ biocmanager”，悄悄= true））install.packages（“ biocmanager”）biocmanager :: install（“ tfbstools”）
对于R的较旧版本，请参考适当的生物导体释放。
文档
要查看系统中安装此软件包的版本的文档，请启动R并输入：
Browsevignettes（“ TFBStools”）
| html | R脚本 | 带有“ TFBSTOOLS”包的转录因子结合位点（TFB）分析 |
| 参考手册 | ||
| 文本 | 消息 |
细节
| 生物浏览 | 结盟，，，，结肠管制，，，，图案，，，，主题，，，，软件，，，，转录 |
| 版本 | 1.20.0 |
| 在生物导体中 | Bioc 2.13（R-3.0）（5。5年） |
| 执照 | GPL-2 |
| 要看 | r（> = 3.2.2） |
| 进口 | 生物酶（> = 2.28），生物弦（> = 2.36.4），生物基因（> = 0.14.0），生物比较（> = 1.2.21），BSGENOME（> = 1.36.3），表情（> = 1.17.1），CNER（> = 1.4.0），dirichletmultinomial（> = 1.10.0），GenomeInfodB（> = 1.6.1），基因组机（> = 1.20.6），gtools（> = 3.5.0），网格，iranges（> = 2.2.7），方法，DBI（> = 0.6），rsqlite（> = 1.0.0），rtracklayer（> = 1.28.10），seqlogo（> = 1.34.0），S4VECTORS（> = 0.9.25），TFMPVALUE（> = 0.0.5），XML（> = 3.98-1.3），xvector（> = 0.8.0），并行 |
| 链接 | |
| 建议 | 生物使用（> = 1.7.7），Jaspar2014（> = 1.4.0），尼特（> = 1.11），测试，，，，Jaspar2016（> = 1.0.0） |
| 系统要求 | |
| 增强 | |
| URL | https://github.com/ge11232002/tfbstools |
| BugReports | https://github.com/ge11232002/tfbstools/issues |
| 取决于我 | |
| 进口我 | Chromvar，，，，esatac，，，，母子，，，，MotifMatchr，，，，Primirtss |
| 建议我 | Jaspar2018，，，，Universalmotif |
| 链接到我 | |
| 构建报告 |
包装档案
跟随bob 体育网址 在R会话中使用此软件包的说明。
| 源包 | tfbstools_1.20.0.tar.gz |
| Windows二进制 | tfbstools_1.20.0.zip |
| Mac OS X 10.11（El Capitan） | tfbstools_1.20.0.tgz |
| 源存储库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/tfbstools |
| 源存储库（开发人员访问） | git clone git@git.bioconductor.org：packages/tfbstools |
| 包装短URL | //www.anjoumacpherson.com/packages/tfbstools/ |
| 软件包下载报告 | 下载统计 |
