躯体签名

doi:10.18129/b9.bioc.somaticsignatures

该包适用于生物导体的3.8版;对于稳定的最新版本,请参阅躯体签名

躯体签名

生物导体版本:3.8

体积签名包可以确定单核苷酸变体(SNV)的突变特征。它提供了与Nik-Zainal(2012,细胞)中描述的方法相关的基础架构,并具有矩阵分解算法的灵活性。

作者:朱利安·盖林(Julian Gehring)

维护者:julian gehring

引用(从r内,输入引用(“ somaticsignatures”)):

安装

要安装此软件包,请启动R(版本“ 3.5”)并输入:

if(!sireseenamespace(“ biocmanager”,悄悄= true))install.packages(“ biocmanager”)biocmanager :: install(“ somaticSignatures”)

对于R的较旧版本,请参考适当的生物导体释放

文档

要查看系统中安装此软件包的版本的文档,请启动R并输入:

Browsevignettes(“ somaticsignatures”)

html R脚本 躯体签名
PDF 参考手册
文本 消息
文本 执照

细节

生物浏览 聚类,,,,基因组变量,,,,测序,,,,软件,,,,somaticmmut,,,,统计信息,,,,可视化
版本 2.18.0
在生物导体中 Bioc 2.14(R-3.1)(5年)
执照 麻省理工学院 +文件许可证
要看 r(> = 3.1.0),变体,,,,基因组机,,,,NMF
进口 S4VECTORS,,,,iranges,,,,GenomeInfodB,,,,生物弦,,,,GGPLOT2,,,,GGBIO,,,,RESHAPE2,,,,NMF,,,,pcamethods,,,,生物酶, 方法,代理人
链接
建议 测试,,,,尼特, 平行,bsgenome.hsapiens.1000genomes.hs37d5,,,,somaticccanceralterations,,,,ggdendro,,,,Fastica,,,,SVA
系统要求
增强
URL https://github.com/juliangehring/somaticsignatures
BugReports https://support.bioconductor.org
取决于我
进口我 稀有,,,,yapsa
建议我
链接到我
构建报告

包装档案

跟随bob 体育网址 在R会话中使用此软件包的说明。

源包 somaticsignatures_2.18.0.tar.gz
Windows二进制 somaticsignatures_2.18.0.zip
Mac OS X 10.11(El Capitan) somaticsignatures_2.18.0.tgz
源存储库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/somaticsignatures
源存储库(开发人员访问) git clone git@git.bioconductor.org:包装/somaticsignatures
包装短URL //www.anjoumacpherson.com/packages/somaticsignatures/
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