Shortread

doi：10.18129/b9.bioc.shortread

该包适用于生物导体的3.8版；对于稳定的最新版本，请参阅Shortread。

FASTQ输入和操纵

生物导体版本：3.8

该软件包实现了FastQ文件的采样，迭代和输入。该软件包包括用于过滤和修剪读取的功能，以及生成质量评估报告。数据表示为DNAStringset衍生的对象，并且很容易为各种目的而操纵。该软件包还包含对早期单端，未包装格式的遗产支持。

作者：马丁·摩根，迈克尔·劳伦斯，西蒙·安德斯

维护者：bioconductor.org>的生物导体套件维护器<维护器>

安装

要安装此软件包，请启动R（版本“ 3.5”）并输入：

if（！sireseenamespace（“ biocmanager”，悄悄= true））install.packages（“ biocmanager”）biocmanager :: install（“ shortread”）

对于R的较旧版本，请参考适当的生物导体释放。

文档

要查看系统中安装此软件包的版本的文档，请启动R并输入：

Browsevignettes（“ Shortread”）

PDF	R脚本	Shortread简介
PDF		参考手册
文本		消息

细节

生物浏览	DataImport，，，，QualityControl，，，，测序，，，，软件
版本	1.40.0
在生物导体中	Bioc 2.3（R-2.8）（10。5年）
执照	艺术2.0
要看	生物基因（> = 0.23.3），生物比较，，，，生物弦（> = 2.47.6），rsamtools（> = 1.31.2），基因组签名（> = 1.15.6）
进口	生物酶，，，，S4VECTORS（> = 0.17.25），iranges（> = 2.13.12），GenomeInfodB（> = 1.15.2），基因组机（> = 1.31.8），HWRITER， 方法，Zlibbioc，，，，格子，，，，LatticeExtra
链接	S4VECTORS，，，，iranges，，，，xvector，，，，生物弦
建议	生物使用，，，，运行，，，，Biomart，，，，GenomicFeatures，，，，酵母纳加拉克氏菌
系统要求
增强
URL
取决于我	chipseq，，，，Eatonetalchipseq，，，，EDASEQ，，，，esatac，，，，girafe，，，，htseqgenie，，，，耳管酶，，，，RQC，，，，rsffreader，，，，片段，，，，测序，，，，Systempiper
进口我	扩增器，，，，arrayexpresshts，，，，basecallqc，，，，打，，，，chipseq，，，，chipseqr，，，，芯片，，，，Dada2，，，，EasyRnaseq，，，，FastQCleaner，，，，哥特，，，，冰茶，，，，电离，，，，Macpet，，，，核，，，，准，，，，R453plus1toolbox，，，，RSVSIM，，，，颈背
建议我	生物比较，，，，CSAR，，，，dbchip，，，，基因组签名，，，，Genominator，，，，Hicdatalymphoblast，，，，图片，，，，ping，，，，repitools，，，，rsamtools，，，，S4VECTORS，，，，yeastrnaseq
链接到我
构建报告

包装档案

跟随bob 体育网址 在R会话中使用此软件包的说明。

源包	shortread_1.40.0.tar.gz
Windows二进制	shortread_1.40.0.zip
Mac OS X 10.11（El Capitan）	Shortread_1.40.0.tgz
源存储库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/shortread
源存储库（开发人员访问）	git clone git@git.bioconductor.org：包装/shortread
包装短URL	//www.anjoumacpherson.com/packages/shortread/
软件包下载报告	下载统计