Snphood
该包适用于生物导体的3.8版；对于稳定的最新版本，请参阅Snphood。
SNPHOOD：使用NGS数据调查，量化和可视化SNP的表观基因组社区
生物导体版本：3.8
迄今为止，已经发现成千上万的单核苷酸多态性（SNP）与复杂的性状和疾病有关。但是，这些相关的SNP的绝大多数位于基因组的非编码部分，并且可能会影响调节元素，例如增强子和启动子，而不是蛋白质的功能。因此，要了解遗传性状和疾病的分子机制，研究SNP对附近分子性状（例如染色质环境或转录因子（TF）结合）的影响变得越来越重要。为了实现这一目标，我们开发了SNPhood，一种用户友好的 * Bioconductor * r软件包，以调查和可视化NGS数据的一组感兴趣SNP的本地邻域，例如染色质标记或转录因子结合位点，来自chip-seq或rna-SEQ实验。SNPHOOD包括一组易于使用的功能，用于提取，归一化和总结基因组区域的读取，执行各种数据质量检查，使用其他输入文件对读取计数进行标准化，并根据绑定模式群集和可视化区域。每个SNP周围的区域都可以以用户定义的方式进行汇总，以允许分析非常广泛的模式以及对特定结合形状的详细研究。此外，SNPhood支持与基因型信息的集成，以研究和可视化基因型特异性结合模式。最后，可以使用SNPhood来确定，研究和可视化感兴趣的SNP周围的等位基因特异性结合模式。
作者：Christian Arnold [AUT，CRE]，Pooja Bhat [aut]，Judith Zaugg [aut]
维护者：克里斯蒂安·阿诺德（Christian Arnold）
引用（从r内，输入引用（“ snphood”））：
安装
要安装此软件包，请启动R（版本“ 3.5”）并输入：
if（！sireseenamespace（“ biocmanager”，悄悄= true））install.packages（“ biocmanager”）biocmanager :: install（“ snphood”）
对于R的较旧版本，请参考适当的生物导体释放。
文档
要查看系统中安装此软件包的版本的文档，请启动R并输入：
browsevignettes（“ snphood”）
| html | R脚本 | 介绍和方法论细节 |
| html | R脚本 | 工作流示例 |
| 参考手册 | ||
| 文本 | 消息 |
细节
| 生物浏览 | 软件 |
| 版本 | 1.12.0 |
| 在生物导体中 | Bioc 3.2（R-3.2）（3。5年） |
| 执照 | LGPL（> = 3） |
| 要看 | r（> = 3.1），基因组机，，，，rsamtools，，，，Data.Table，，，，检查员 |
| 进口 | deseq2，，，，簇，，，，GGPLOT2，，，，格子，，，，GenomeInfodB，，，，生物比较，，，，变体，，，，生物基因，，，，iranges， 方法，总结性特征，，，，rcolorbrewer，，，，生物弦，grdevices，栅格，统计，网格，utils，RESHAPE2，，，，秤，，，，S4VECTORS |
| 链接 | |
| 建议 | 生物使用，，，，尼特，，，，普里尔，，，，rmarkDown，，，，snphooddata，，，，Corrplot |
| 系统要求 | |
| 增强 | |
| URL | //www.anjoumacpherson.com/packages/snphood |
| BugReports | Christian.arnold@embl.de |
| 取决于我 | |
| 进口我 | |
| 建议我 | |
| 链接到我 | |
| 构建报告 |
包装档案
跟随bob 体育网址 在R会话中使用此软件包的说明。
| 源包 | snphood_1.12.0.tar.gz |
| Windows二进制 | snphood_1.12.0.zip |
| Mac OS X 10.11（El Capitan） | snphood_1.12.0.tgz |
| 源存储库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/snphood |
| 源存储库（开发人员访问） | git clone git@git.bioconductor.org：packages/snphood |
| 包装短URL | //www.anjoumacpherson.com/packages/snphood/ |
| 软件包下载报告 | 下载统计 |
