Snphood

doi:10.18129/b9.bioc.snphood

该包适用于生物导体的3.8版;对于稳定的最新版本,请参阅Snphood

SNPHOOD:使用NGS数据调查,量化和可视化SNP的表观基因组社区

生物导体版本:3.8

迄今为止,已经发现成千上万的单核苷酸多态性(SNP)与复杂的性状和疾病有关。但是,这些相关的SNP的绝大多数位于基因组的非编码部分,并且可能会影响调节元素,例如增强子和启动子,而不是蛋白质的功能。因此,要了解遗传性状和疾病的分子机制,研究SNP对附近分子性状(例如染色质环境或转录因子(TF)结合)的影响变得越来越重要。为了实现这一目标,我们开发了SNPhood,一种用户友好的 * Bioconductor * r软件包,以调查和可视化NGS数据的一组感兴趣SNP的本地邻域,例如染色质标记或转录因子结合位点,来自chip-seq或rna-SEQ实验。SNPHOOD包括一组易于使用的功能,用于提取,归一化和总结基因组区域的读取,执行各种数据质量检查,使用其他输入文件对读取计数进行标准化,并根据绑定模式群集和可视化区域。每个SNP周围的区域都可以以用户定义的方式进行汇总,以允许分析非常广泛的模式以及对特定结合形状的详细研究。此外,SNPhood支持与基因型信息的集成,以研究和可视化基因型特异性结合模式。最后,可以使用SNPhood来确定,研究和可视化感兴趣的SNP周围的等位基因特异性结合模式。

作者:Christian Arnold [AUT,CRE],Pooja Bhat [aut],Judith Zaugg [aut]

维护者:克里斯蒂安·阿诺德(Christian Arnold)

引用(从r内,输入引用(“ snphood”)):

安装

要安装此软件包,请启动R(版本“ 3.5”)并输入:

if(!sireseenamespace(“ biocmanager”,悄悄= true))install.packages(“ biocmanager”)biocmanager :: install(“ snphood”)

对于R的较旧版本,请参考适当的生物导体释放

文档

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browsevignettes(“ snphood”)

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文本 消息

细节

生物浏览 软件
版本 1.12.0
在生物导体中 Bioc 3.2(R-3.2)(3。5年)
执照 LGPL(> = 3)
要看 r(> = 3.1),基因组机,,,,rsamtools,,,,Data.Table,,,,检查员
进口 deseq2,,,,,,,,GGPLOT2,,,,格子,,,,GenomeInfodB,,,,生物比较,,,,变体,,,,生物基因,,,,iranges, 方法,总结性特征,,,,rcolorbrewer,,,,生物弦,grdevices,栅格,统计,网格,utils,RESHAPE2,,,,,,,,S4VECTORS
链接
建议 生物使用,,,,尼特,,,,普里尔,,,,rmarkDown,,,,snphooddata,,,,Corrplot
系统要求
增强
URL //www.anjoumacpherson.com/packages/snphood
BugReports Christian.arnold@embl.de
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源包 snphood_1.12.0.tar.gz
Windows二进制 snphood_1.12.0.zip
Mac OS X 10.11(El Capitan) snphood_1.12.0.tgz
源存储库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/snphood
源存储库(开发人员访问) git clone git@git.bioconductor.org:packages/snphood
包装短URL //www.anjoumacpherson.com/packages/snphood/
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