Rsamtools

DOI:10.18129 / B9.bioc.Rsamtools

这个包适用于Bioconductor 3.8版;有关稳定的最新发布版本，请参见Rsamtools．

二进制对齐(BAM)、FASTA、变量调用(BCF)和tabix文件导入

Bioconductor版本:3.8

这个包提供了一个接口到'samtools'， 'bcftools'和'tabix'实用程序(见' license ')，用于操作SAM(序列对齐/映射)，FASTA，二进制变量调用(BCF)和压缩索引制表符分隔(tabix)文件。

作者:Martin Morgan, Herv\'e Pag\ ' es, Valerie Obenchain, Nathaniel Hayden

维护者:Bioconductor Package维护者< Maintainer at Bioconductor .org>

安装

要安装这个包，启动R (version "3.5")并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")::install("Rsamtools")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“Rsamtools”)

PDF	R脚本	Rsamtools的介绍
PDF	R脚本	使用samtools C库
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证
视频		Rsamtools的连环车祸

细节

biocViews	对齐，报道，DataImport，质量控制，测序，软件
版本	1.34.1
在Bioconductor	BioC 2.6 (R-2.11)(9年)
许可证	artist -2.0 |文件许可
取决于	方法,GenomeInfoDb(> = 1.1.3),GenomicRanges(> = 1.31.8),Biostrings(> = 2.47.6)
进口	跑龙套,BiocGenerics(> = 0.25.1),S4Vectors(> = 0.17.25),IRanges(> = 2.13.12),XVector(> = 0.19.7),zlibbioc，bitops，BiocParallel
链接	S4Vectors，IRanges，XVector，Biostrings
建议	GenomicAlignments，ShortRead(> = 1.19.10),GenomicFeatures，TxDb.Dmelanogaster.UCSC.dm3.ensGene，KEGG.db，TxDb.Hsapiens.UCSC.hg18.knownGene，RNAseqData.HNRNPC.bam.chr14，BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19，RUnit，BiocStyle
SystemRequirements
增强了
URL	//www.anjoumacpherson.com/packages/release/bioc/html/Rsamtools.html
全靠我	ArrayExpressHTS，BaalChIP，BitSeq，嵌合体，chipseqDB，食典委，contiBAIT，CoverageView，esATAC，exomeCopy，exomePeak，GenomicAlignments，GenomicFiles，girafe，gmapR，吉他，HelloRanges，感兴趣，leeBamViews，MEDIPS，methylPipe，MMDiff2，podkat，qrqc，r3Cseq，Rcade，ReQON，rfPred，RIPSeeker，rnaseqGene，rnaSeqMap，测序，SGSeq，ShortRead，SICtools，SNPhood，ssviz，systemPipeR，TarSeqQC，TBX20BamSubset，TEQC，VariantAnnotation，wavClusteR
进口我	AllelicImbalance，高山，AneuFinder，annmap，AnnotationHubData，appreci8R，ArrayExpressHTS，ASpli，ATACseqQC，BadRegionFinder，BBCAnalyzer，biovizBase，breakpointR，BSgenome，篮球选手，卡斯珀，cellbaseR，CexoR，chimeraviz，ChIPComp，ChIPexoQual，ChIPpeakAnno，ChIPQC，ChIPSeqSpike，chromstaR，chromVAR，cn.mops，CNVPanelizer，CNVrd2，compEpiTools，consensusDE，文案，CrispRVariants，csaw，customProDB，derfinder，DEXSeq，DiffBind，diffHic，DOQTL，easyRNASeq，EDASeq，ensembldb，epigenomix，eudysbiome，FourCSeq，FunChIP，FunciSNP，gcapc，GeneGeneInteR，GenoGAM，genomation，GenomicAlignments，GenomicInteractions，GenVisR，ggbio，GGtools，GoogleGenomics，哥特，GreyListChIP，GUIDEseq，Gviz，gwascat，h5vc，HTSeqGenie，icetea，ima，检查，karyoploteR，ldblock，LungCancerLines，MACPET，MADSEQ，联合化疗，metagene，methylKit，马赛克，motifmatchr，msgbsR，MTseeker，NADfinder，诊断，ORFik，panelcn.mops，PGA，图片，plyranges，PureCN，QDNAseq，qsea，QuasR，R453Plus1Toolbox，ramwas，Rariant，Repitools，RiboProfiling，riboSeqR，RNAprobR，RNASeqR，Rqc，rtracklayer，颈背，segmentSeq，seqplots，seqsetvis，soGGi，SplicingGraphs，srnadiff，strandCheckR，TCseq，TitanCNA，tracktables，trackViewer，transcriptR，TransView，TSRchitect，TVTB，VariantFiltering，VariantTools
建议我	AnnotationHub，bamsignals，BaseSpaceR，BiocGenerics，BiocParallel，biomvRCNS，芝加哥，epivizrChart，计，GenomeInfoDb，GenomicDataCommons，GenomicFeatures，GenomicRanges，GeuvadisTranscriptExpr，gQTLstats，IRanges，metaseqR，omicsPrint，parathyroidSE，收回，SeqArray，seqbias，SigFuge，similaRpeak，彩带，TFutils
链接到我	ArrayExpressHTS，BitSeq，DiffBind，h5vc，podkat，qrqc，QuasR，seqbias，TransView，VariantAnnotation
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	Rsamtools_1.34.1.tar.gz
Windows二进制	Rsamtools_1.34.1.zip
Mac OS X 10.11 (El Capitan)	Rsamtools_1.34.1.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/Rsamtools
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/Rsamtools
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/Rsamtools/
软件包下载报告	下载数据