Rcade

DOI:10.18129 / B9.bioc.Rcade

这个包是3.8版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅Rcade。

R-based ChIP-seq和微分表达式的分析——基于一个集成的工具点ChIP-seq汇总数据分析与微分表达式

Bioconductor版本:3.8

Rcade(代表“R-based ChIP-seq和微分表达式的分析”)是一个集成的工具与微分表达式ChIP-seq数据汇总数据,通过贝叶斯框架。鉴别的关键应用程序感兴趣的基因转录因子的目标——也就是说,我们收集相关基因ChIP-seq峰,和微分表达式在某些扰动相关的特遣部队。

作者:乔纳森·凯恩斯

维护人员:乔纳森·凯恩斯< jmcairns200 gmail.com >

安装

安装这个包,开始R(版本“3.5”)并输入:

如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“Rcade”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

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browseVignettes (“Rcade”)

PDF	R脚本	Rcade装饰图案
PDF		参考手册
文本		自述
文本		新闻

细节

biocViews	ChIPSeq,DifferentialExpression,GeneExpression,遗传学,测序,软件,转录
版本	1.24.0
Bioconductor自	BioC 2.11 (r - 2.15)(6.5年)
许可证	GPL-2
取决于	R(> = 2.14.0)、方法GenomicRanges,Rsamtools,baySeq
进口	grDevices跑龙套,统计数据、图形、rgl,plotrix,S4Vectors,IRanges,GenomeInfoDb,GenomicAlignments
链接
建议	limma,biomaRt,RUnit,BiocGenerics,BiocStyle
SystemRequirements
增强了
URL
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	Rcade_1.24.0.tar.gz
Windows二进制	Rcade_1.24.0.zip
Mac OS X 10.11(埃尔卡皮坦)	Rcade_1.24.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/Rcade
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ Rcade
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/Rcade/
包下载报告	下载数据