Rbowtie2

DOI:10.18129 / B9.bioc.Rbowtie2

这个包是3.8版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅Rbowtie2。

为Bowtie2和AdapterRemoval R包装器

Bioconductor版本:3.8

这个包提供了一个R包装流行的bowtie2测序读准仪和AdapterRemoval,快速的一个方便工具适配器修剪、识别、和阅读合并。

作者:郑魏,魏张

维护人员:郑魏< wzweizheng qq.com >

安装

安装这个包,开始R(版本“3.5”)并输入:

如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“Rbowtie2”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“Rbowtie2”)

HTML	R脚本	介绍Rbowtie2
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	对齐,预处理,测序,软件
版本	1.4.0
Bioconductor自	BioC 3.6 (r - 3.4)(1.5年)
许可证	GPL (> = 3)
取决于	R (> = 3.5)
进口
链接
建议	knitr
SystemRequirements	c++ 11
增强了
URL
取决于我
进口我	esATAC
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	Rbowtie2_1.4.0.tar.gz
Windows二进制	Rbowtie2_1.4.0.zip(64位)
Mac OS X 10.11(埃尔卡皮坦)	Rbowtie2_1.4.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/Rbowtie2
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ Rbowtie2
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/Rbowtie2/
包下载报告	下载数据