研制

DOI:10.18129 / B9.bioc.RTN

这个包是3.8版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅研制。

重建的转录网络和分析主监管机构

Bioconductor版本:3.8

这个包提供了类和方法转录网络推理和分析。调节器转录因子活性的评估条件互信息,和主监管机构被映射到表型使用不同的策略,例如,基因集富集,阴影和协同分析。此外,主监管机构可以使用eQTL / VSE与遗传标记分析,利用人类基因组单体型的块结构映射到为了探索风险snp在GWAS研究中确定。

作者:毛罗·卡斯特罗,鑫Wang Florian Markowetz迈克尔·弗莱彻和Kerstin迈耶

维护人员:毛罗·卡斯特罗< mauro.a。卡斯特罗在gmail.com >

安装

安装这个包,开始R(版本“3.5”)并输入:

如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“研制”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes(“研制”)

HTML	R脚本	研制:转录网络的重建和分析主监管机构。”
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文本		新闻

细节

biocViews	GeneExpression,GeneRegulation,GeneSetEnrichment,GeneticVariability,GraphAndNetwork,NetworkEnrichment,NetworkInference,单核苷酸多态性,软件
版本	2.6.3
Bioconductor自	BioC 2.13 (r - 3.0)(5.5年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R(> = 3.3.3)方法
进口	红色的,minet,毒蛇,mixtools,雪,limma,data.table,IRanges,igraph,S4Vectors,SummarizedExperiment
链接
建议	RUnit,BiocGenerics,BiocStyle,knitr,rmarkdown
SystemRequirements
增强了
URL	http://dx.doi.org/10.1038/ncomms3464
取决于我	Fletcher2013b,RTNduals,RTNsurvival
进口我
建议我	geneplast
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	RTN_2.6.3.tar.gz
Windows二进制	RTN_2.6.3.zip
Mac OS X 10.11(埃尔卡皮坦)	RTN_2.6.3.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/RTN
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/研制
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/RTN/
包下载报告	下载数据