该包适用于生物导体的3.8版;对于稳定的最新版本,请参阅RSVSIM。
生物导体版本:3.8
RSVSIM是用于模拟删除,插入,倒置,串联功能和易位的任何基因组中的删除,插入,倒置,串联功能和易位的软件包,该基因组可作为fasta-file或bsgenome数据包可用。SV断点可以均匀地放置整个基因组,对重复区域和高同源性区域(用于HG19)或用户支持的坐标有偏见。
作者:克里斯托夫·巴滕哈根(Christoph Bartenhagen)
维护者:Christoph Bartenhagen
引用(从r内,输入引用(“ RSVSIM”)
):
要安装此软件包,请启动R(版本“ 3.5”)并输入:
if(!sireseenamespace(“ biocmanager”,悄悄= true))install.packages(“ biocmanager”)biocmanager :: install(“ rsvsim”)
对于R的较旧版本,请参考适当的生物导体释放。
要查看系统中安装此软件包的版本的文档,请启动R并输入:
browsevignettes(“ rsvsim”)
R脚本 | RSVSIM:用于模拟结构变化的R/生物导体包装 | |
参考手册 |
生物浏览 | 测序,,,,软件 |
版本 | 1.22.0 |
在生物导体中 | Bioc 2.12(R-3.0)(6年) |
执照 | LGPL-3 |
要看 | r(> = 3.0.0),生物弦,,,,基因组机 |
进口 | 方法,iranges,,,,Shortread |
链接 | |
建议 | bsgenome.hsapiens.ucsc.hg19,,,,bsgenome.hsapiens.ucsc.hg19.masked,,,,大量的,,,,rtracklayer |
系统要求 | |
增强 | |
URL | |
取决于我 | |
进口我 | |
建议我 | |
链接到我 | |
构建报告 |
跟随bob 体育网址 在R会话中使用此软件包的说明。
源包 | rsvsim_1.22.0.tar.gz |
Windows二进制 | rsvsim_1.22.0.zip |
Mac OS X 10.11(El Capitan) | rsvsim_1.22.0.tgz |
源存储库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/rsvsim |
源存储库(开发人员访问) | git clone git@git.bioconductor.org:packages/rsvsim |
包装短URL | //www.anjoumacpherson.com/packages/rsvsim/ |
软件包下载报告 | 下载统计 |