Ripseeker
doi：10.18129/b9.bioc.ripseeker
该包适用于生物导体的3.8版；对于稳定的最新版本，请参阅Ripseeker。
RIPSEEKER：一个用于从RIP-SEQ实验中识别蛋白质相关转录本的统计软件包
生物导体版本：3.8
使用具有负二项式排放概率的两态HMM的RIP-SEQ对准的推断和区分RIP峰。尽管Ripseeker是专门针对RIP-Seq数据分析量身定制的，但它还提供了集成在此独立的软件软件包中的一系列生物信息学工具，可以全面解决从分配后处理到可视化和注释的问题。
作者：Yue Li
维护者：yue li
引用（从r内，输入引用（“ Ripseeker”））：
安装
要安装此软件包，请启动R（版本“ 3.5”）并输入：
if（！sireseenamespace（“ biocmanager”，悄悄= true））install.packages（“ biocmanager”）biocmanager :: install（“ Ripseeker”）
对于R的较旧版本，请参考适当的生物导体释放。
文档
要查看系统中安装此软件包的版本的文档，请启动R并输入：
Browsevignettes（“ Ripseeker”）
| R脚本 | RIPSEEKER：一个用于从RIP-SEQ实验中识别蛋白质相关转录本的统计软件包 | |
| 参考手册 | ||
| 文本 | 消息 |
细节
| 生物浏览 | Ripseq，，，，测序，，，，软件 |
| 版本 | 1.22.0 |
| 在生物导体中 | Bioc 2.12（R-3.0）（6年） |
| 执照 | GPL-2 |
| 要看 | R（> = 2.15），方法，S4VECTORS（> = 0.9.25），iranges，，，，基因组机，，，，总结性特征，，，，rsamtools，，，，基因组签名，，，，rtracklayer |
| 进口 | |
| 链接 | |
| 建议 | Biomart，，，，Chippeakanno， 平行，GenomicFeatures |
| 系统要求 | |
| 增强 | |
| URL | http://www.cs.utoronto.ca/~yueli/software.html |
| 取决于我 | Ripseekerdata |
| 进口我 | |
| 建议我 | |
| 链接到我 | |
| 构建报告 |
包装档案
跟随bob 体育网址 在R会话中使用此软件包的说明。
| 源包 | ripseeker_1.22.0.tar.gz |
| Windows二进制 | ripseeker_1.22.0.zip（32-和64位） |
| Mac OS X 10.11（El Capitan） | ripseeker_1.22.0.tgz |
| 源存储库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/ripseeker |
| 源存储库（开发人员访问） | git clone git@git.bioconductor.org：packages/ripseeker |
| 包装短URL | //www.anjoumacpherson.com/packages/ripseeker/ |
| 软件包下载报告 | 下载统计 |
