QuasR

DOI:10.18129 / B9.bioc.QuasR

这个包是3.8版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅QuasR。

量化和注释在短时间内读取R

Bioconductor版本:3.8

这个包提供了一个框架的量化和分析短的读取。它涵盖了一个完整的工作流从原始序列读取,校准和质量控制图的创建,量化的基因组区域。

作者:安妮塔,我们针对Dimos Gaiditzis和迈克尔·施

维护人员:迈克尔Stadler <迈克尔。施在fmi.ch >

安装

安装这个包,开始R(版本“3.5”)并输入:

如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“QuasR”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“QuasR”)

HTML	R脚本	介绍QuasR
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文本		新闻

细节

biocViews	对齐,ChIPSeq,报道,遗传学,ImmunoOncology,MethylSeq,预处理,质量控制,RNASeq,测序,软件
版本	1.22.1
Bioconductor自	BioC 2.12 (r - 3.0)(6年)
许可证	GPL-2
取决于	平行,GenomicRanges(> = 1.13.3),Rbowtie
进口	方法、grDevices图形,跑龙套,zlibbioc,BiocGenerics,S4Vectors(> = 0.9.25),IRanges,BiocManager,Biobase,Biostrings,BSgenome,Rsamtools(> = 1.19.38),GenomicFeatures(> = 1.17.13),ShortRead(> = 1.19.1),GenomicAlignments,BiocParallel,GenomeInfoDb,rtracklayer,GenomicFiles
链接	Rsamtools
建议	Gviz,RUnit,BiocStyle,knitr,rmarkdown
SystemRequirements
增强了
URL
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	QuasR_1.22.1.tar.gz
Windows二进制	QuasR_1.22.1.zip
Mac OS X 10.11(埃尔卡皮坦)	QuasR_1.22.1.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/QuasR
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ QuasR
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/QuasR/
包下载报告	下载数据