QDNAseq

DOI:10.18129 / B9.bioc.QDNAseq

此包适用于Bioconductor的3.8版本;有关稳定的最新发布版本，请参见QDNAseq．

染色体畸变的DNA定量测序

Bioconductor版本:3.8

染色体畸变的DNA定量测序。基因组被划分为不重叠的固定大小的容器，每个被计数的序列读取数，用同步的二维黄土校正来调整序列的可映射性和GC含量，并过滤去基因组中的虚假区域。分段和调用的下游步骤也分别通过包dncopy和CGHcall实现。

作者:Ilari Scheinin [aut]， Daoud Sie [aut, cre]， Henrik Bengtsson [aut]

维护者:Daoud Sie

安装

要安装这个包，启动R(版本“3.5”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

对于较老版本的R，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请从R开始并输入:

browseVignettes(“QDNAseq”)

PDF	R脚本	QDNAseq简介
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	CopyNumberVariation，DNASeq，遗传学，GenomeAnnotation，预处理，质量控制，测序，软件
版本	1.18.0
在Bioconductor公司	BioC 2.14 (R-3.1)(5年)
许可证	GPL
取决于	R (>= 3.1.0)
进口	图形，方法，统计，工具，Biobase(> = 2.18.0),CGHbase(> = 1.18.0),CGHcall(> = 2.18.0),DNAcopy(> = 1.32.0),GenomicRanges(> = 1.20),IRanges(> = 2.2),matrixStats(> = 0.50.2),R.utils(> = tripwire),Rsamtools(> = 1.20),BiocParallel(> = 1.6.6)
链接
建议	BiocStyle(> = 1.8.0),BSgenome(> = 1.38.0),消化(> = 0.6.8),GenomeInfoDb(> = 1.6.0),未来(> = 0.14.0),R.cache(> = 0.12.0)
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/ccagc/QDNAseq
BugReports	https://github.com/ccagc/QDNAseq/issues
全靠我	GeneBreak，QDNAseq.hg19，QDNAseq.mm10
进口我	王牌，HiCcompare
建议我
给我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用这个包的说明。

源包	QDNAseq_1.18.0.tar.gz
Windows二进制	QDNAseq_1.18.0.zip
Mac OS X 10.11 (El Capitan)	QDNAseq_1.18.0.tgz
源库	git clone https://git.bioconductor.org/packages/QDNAseq
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/QDNAseq
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/QDNAseq/
软件包下载报告	下载数据