Pigengene

DOI:10.18129 / B9.bioc.Pigengene

该软件包适用于Bioconductor的3.8版本;有关稳定的最新发布版本，请参见Pigengene。

从基因表达数据推断生物学特征

Bioconductor版本:3.8

Pigengene包提供了一种从基因表达谱中推断生物特征的有效方法。签名独立于底层平台，例如，输入可以是微阵列或RNA序列数据。它甚至可以使用来自一个平台的数据推断签名，并在另一个平台上评估它们。Pigengene利用共表达网络分析对高共表达基因的模块(簇)进行识别，将每个模块的生物信息汇总到一个特征基因中，学习贝叶斯网络对模块间的概率依赖关系进行建模，并基于特征基因的表达构建决策树。

作者:Habil Zare, Amir Foroushani和Rupesh Agrahari

维护者:Habil Zare < Zare at u.washington.edu>

安装

要安装这个包，启动R(版本"3.5")并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager"，悄然= TRUE)) install.packages("BiocManager") BiocManager::install("Pigengene")

对于旧版本的R，请参考相应的Bioconductor释放。

文档

要查看系统中安装的此软件包版本的文档，启动R并输入:

browseVignettes(“Pigengene”)

PDF	R脚本	Pigengene:计算和使用特征基因
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	BiomedicalInformatics，分类，聚类，DecisionTree，DimensionReduction，GeneExpression，GraphAndNetwork，ImmunoOncology，微阵列，网络，NetworkInference，归一化，PrincipalComponent，RNASeq，软件，SystemsBiology，转录组
版本	1.8.1
在Bioconductor中	BioC 3.4 (R-3.3)(2.5年)
许可证	GPL (> = 2)
取决于	R (>= 3.3.0)，图
进口	bnlearn，网(> = 0.1.2),质量，matrixStats，partykit，Rgraphviz，WGCNA，GO.db，嫁祸于，preprocessCore设备、图形、统计、utils、并行、pheatmap(> = 1.0.8)
链接
建议	org.Hs.eg.db，org.Mm.eg.db，biomaRt(> = 2.30.0),knitr，BiocStyle，AnnotationDbi，能源
SystemRequirements
增强了
URL
这取决于我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在您的R会话中使用此包的说明。

源包	Pigengene_1.8.1.tar.gz
Windows二进制	Pigengene_1.8.1.zip(32- & 64位)
Mac OS X 10.11 (El Capitan)	Pigengene_1.8.1.tgz
源库	git clone https://git.bioconductor.org/packages/Pigengene
源存储库(开发人员访问)	git clone git@git.bioconductor.org:packages/Pigengene
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/Pigengene/
软件包下载报告	下载数据