pi

doi：10.18129/b9.bioc.pi

该包适用于生物导体的3.8版；对于稳定的最新版本，请参阅pi。

利用遗传证据在基因和途径水平上优先考虑药物靶标

生物导体版本：3.8

优先指数或PI作为基因组领导的靶标优先系统开发，重点是利用人类遗传数据以优先在基因，途径和网络水平上对潜在的药物靶标进行优先排序。长期目标是使用此类信息来增强早期目标验证。基于全基因组关联研究（GWAS）的疾病关联证据，该优先级系统能够生成证据，以支持对特定调制基因（种子基因）的识别，这些基因（种子基因）通过利用链接不平衡的知识来构成遗传关联信号（共同饲养的遗传变异），相关变异与基因的距离，与疾病相关的组织，细胞类型和状态中与基因表达的独立遗传相关的证据，以及基于疾病相关的遗传变异和基于疾病相关的遗传变异者的物理相互作用的证据在全基因组上，捕获了原代血细胞类型中的HIC生成的启动子相互作用。种子基因以整合的方式评分，从而量化遗传影响。得分的种子基因随后被用作诱饵，以对种子基因以及其他（非种子）基因进行排名。这是通过迭代探索基因相互作用网络的全局连接性来实现的。优先级最高的基因被进一步用于识别/优先级，这些途径显着富含高度优先基因。优先基因还用于识别高度优先基因的基因网络和最少数量的较少优先基因的基因（它们充当接头，将高度优先级的基因汇总在一起）。

作者：Hai Fang，Ultra-DD财团，Julian C Knight

维护者：hai fang

安装

要安装此软件包，请启动R（版本“ 3.5”）并输入：

if（！sireseenamespace（“ biocmanager”，悄悄= true））install.packages（“ biocmanager”）biocmanager :: install（“ pi”）

对于R的较旧版本，请参考适当的生物导体释放。

文档

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browsevignettes（“ pi”）

html	R脚本	PI用户手册（R/Bioconductor包）
PDF		参考手册
文本		消息

细节

生物浏览	基因表达，，，，遗传学，，，，遗传学，，，，Genomewideassociation，，，，GraphandNetwork，，，，嗝，，，，Linkagedisequilibrium，，，，网络，，，，途径，，，，软件
版本	1.10.0
在生物导体中	Bioc 3.4（R-3.3）（2。5年）
执照	GPL-3
要看	XGR，，，，Igraph，，，，dnet，，，，GGPLOT2，图形
进口	矩阵，，，，大量的，，，，GGBIO，，，，基因组机，，，，GenomeInfodB，，，，Suprahex，，，，秤，grdevices，Ggrepel，，，，rocr，，，，Randomforest，，，，Glmnet，，，，GVIZ，，，，格子，，，，商在，，，，plot3d，统计
链接
建议	foreach，，，，多帕尔，，，，生物使用，，，，尼特，，，，rmarkDown，，，，PNG，，，，ggally，，，，栅格，，，，表达，，，，GGFORCE，，，，fgsea，，，，PathView，，，，花花公子
系统要求
增强
URL	http://pi314.r-forge.r-project.org
BugReports	https://github.com/hfang-bristol/pi/issues
取决于我
进口我
建议我
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构建报告

包装档案

跟随bob 体育网址 在R会话中使用此软件包的说明。

源包	pi_1.10.0.tar.gz
Windows二进制	pi_1.10.0.zip
Mac OS X 10.11（El Capitan）	pi_1.10.0.tgz
源存储库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/pi
源存储库（开发人员访问）	git clone git@git.bioconductor.org：packages/pi
包装短URL	//www.anjoumacpherson.com/packages/pi/
软件包下载报告	下载统计