PAA

DOI:10.18129 / B9.bioc.PAA

这个包适用于Bioconductor 3.8版;有关稳定的最新发布版本,请参见PAA

PAA(蛋白质阵列分析仪)

Bioconductor版本:3.8

PAA导入单色(蛋白质)微阵列数据,该数据已保存在gpr文件格式-特别是ProtoArray数据。预处理(背景校正、批过滤、归一化)后,进行单变量特征预选(例如,使用“最小M统计量”方法-以下简称“mm”)。随后,进行多元特征选择以发现候选生物标志物。因此,可以使用基于频率的向后消除方法或集成特征选择。PAA提供了一个完整的分析工具工具箱,包括用于结果检查和评估的几种不同的图。

作者:Michael Turewicz [aut, cre], Martin Eisenacher [ctb, cre]

维护者:Michael Turewicz < Michael。tuturewicz at rub.de>, Martin Eisenacher < Martin。Eisenacher在rub.de>

引文(从R内,输入引用(PAA)):

安装

要安装这个包,启动R (version "3.5")并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager", quiet = TRUE) install.packages("BiocManager") BiocManager::install("PAA")

对于R的旧版本,请参考相应的Bioconductor释放

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档,请启动R并输入:

browseVignettes (PAA)

PDF R脚本 PAA教程
PDF PAA_1.7.1.pdf
PDF 参考手册
文本 自述
文本 新闻
文本 许可证

细节

biocViews 分类微阵列OneChannel蛋白质组学软件
版本 1.16.0
在Bioconductor BioC 3.0 (R-3.1)(4.5年)
许可证 BSD_3_clause + file LICENSE
取决于 R (>= 3.2.0),Rcpp(> = 0.11.6)
进口 e1071gplotsgtoolslimma质量mRMRerandomForestROCR股东价值分析
链接 Rcpp
建议 BiocStyleRUnitBiocGenericsvsn
SystemRequirements c++软件包随机丛林
增强了
URL http://www.ruhr-uni-bochum.de/mpc/software/PAA/
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构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包 PAA_1.16.0.tar.gz
Windows二进制 PAA_1.16.0.zip(32位和64位)
Mac OS X 10.11 (El Capitan) PAA_1.16.0.tgz
源库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/PAA
源存储库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:packages/PAA
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/PAA/
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