先驱者

DOI:10.18129 / B9.bioc.OUTRIDER

这个包是3.8版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅先驱者。

先驱者——RNA-Seq仪离群值

Bioconductor版本:3.8

异常基因表达在RNA-seq数据的识别。读计数预期autoencoder建模的控制混杂因素的数据。鉴于这些期望,RNA-seq读计数假定遵循gene-specific色散的负二项分布。离群值被确定为读计数显著偏离这一分布。此外,先驱者提供有用的绘图函数来分析和可视化的结果。

作者:Felix Brechtmann (aut (cre),基督教莫特(aut (cre),安吉Matuseviciute (aut (cre),韦森特Yepez (aut),朱利安Gagneur (aut)

维护人员:基督教莫特<莫特在in.tum.de >

安装

安装这个包,开始R(版本“3.5”)并输入:

如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“先驱者”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes(“先驱者”)

PDF	R脚本	先驱者:局外人RNA-seq仪
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	对齐,GeneExpression,遗传学,ImmunoOncology,RNASeq,测序,软件,转录组
版本	1.0.4
Bioconductor自	BioC 3.8 (r - 3.5)(0.5年)
许可证	麻省理工学院+文件许可
取决于	R (> = 3.5),BiocParallel,GenomicFeatures,SummarizedExperiment,data.table、方法
进口	BBmisc,Biobase,BiocGenerics编译器,DESeq2(> = 1.16.1),GenomicRanges,ggplot2,ggpubr,gplots、图形、IRanges,matrixStats,情节,plyr,pcaMethods,PRROC,RColorBrewer,Rcpp,网状,S4Vectors,尺度样条函数统计,跑龙套
链接	Rcpp,RcppArmadillo
建议	testthat,knitr,rmarkdown,BiocStyle,TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene,org.Hs.eg.db,RMySQL,AnnotationDbi,beeswarm,covr
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/gagneurlab/OUTRIDER
取决于我
进口我
建议我
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构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	OUTRIDER_1.0.4.tar.gz
Windows二进制	OUTRIDER_1.0.4.zip
Mac OS X 10.11(埃尔卡皮坦)	OUTRIDER_1.0.4.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/OUTRIDER
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/先驱者
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/OUTRIDER/
包下载报告	下载数据