ORFik

DOI:10.18129 / B9.bioc.ORFik

这个包是3.8版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅ORFik。

在基因开放阅读框架

Bioconductor版本:3.8

工具操纵RiboSeq, RNASeq和CageSeq数据。ORFik极其快速的通过使用C数据。表和GenomicRanges。包允许重新分配开始CageSeq记录使用的数据,自动转移RiboSeq读,发现整个基因组的开放阅读框架和许多更多。

作者:Kornel Labun (cre, aut cph],哈Tjeldnes (aut (dtc), Katarzyna Chyzynska[施,dtc], Evind瓦伦(黑色,曾经)

维护人员:Kornel Labun < kornellabun gmail.com >

安装

安装这个包,开始R(版本“3.5”)并输入:

如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“ORFik”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“ORFik”)

HTML	R脚本	ORFik概述
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	对齐,报道,DataImport,FunctionalGenomics,ImmunoOncology,RNASeq,RiboSeq,测序,软件
版本	1.2.1 "
Bioconductor自	BioC 3.7 (r - 3.5)(1年)
许可证	麻省理工学院+文件许可
取决于	R (> = 3.5.0),IRanges(> = 2.13.28),GenomicRanges(> = 1.31.23),GenomicAlignments(> = 1.15.13)
进口	S4Vectors(> = 0.17.39),GenomeInfoDb(> = 1.15.5),GenomicFeatures(> = 1.31.10),rtracklayer(> = 1.39.9),Rcpp(> = 0.12.16),data.table(> = 1.10.4-3),Biostrings(> = 2.47.12)、统计数据、工具Rsamtools(> = 1.31.3),BiocGenerics(> = 0.25.3)
链接	Rcpp
建议	testthat,rmarkdown,knitr,BiocStyle,BSgenome,BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19,ggplot2(> = 2.2.1)
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/JokingHero/ORFik
BugReports	https://github.com/JokingHero/ORFik/issues
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	ORFik_1.2.1.tar.gz
Windows二进制	ORFik_1.2.1.zip
Mac OS X 10.11(埃尔卡皮坦)	ORFik_1.2.1.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/ORFik
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ ORFik
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/ORFik/
包下载报告	下载数据