NanostringQccpro

doi:10.18129/b9.bioc.nanostringqccpro

该包适用于生物导体的3.8版;对于稳定的最新版本,请参阅NanostringQccpro

纳米串mRNA基因表达数据的质量指标和数据处理方法

生物导体版本:3.8

NanoStringQCPRO提供了一组质量指标,可用于评估纳米串mRNA基因表达数据的质量 - 即确定离群探针和离群样品。它还为该数据提供了不同的背景减法和归一化方法。它输出了标记样品/探针和易于共享的HTML质量控制输出的建议。

作者:dorothee nickles ,托马斯·桑德曼(Thomas Sandmann

维护者:Robert Ziman

引用(从r内,输入引用(“ nanostringqcpro”)):

安装

要安装此软件包,请启动R(版本“ 3.5”)并输入:

if(!sireseenamespace(“ biocmanager”,悄悄= true))install.packages(“ biocmanager”)biocmanager :: install(“ nanostringqccpro”)

对于R的较旧版本,请参考适当的生物导体释放

文档

要查看系统中安装此软件包的版本的文档,请启动R并输入:

browsevignettes(“ nanostringqcpro”)

PDF vignettenanostringqccpro.pdf
PDF 参考手册
文本 消息

细节

生物浏览 微阵列,,,,正常化,,,,预处理,,,,QualityControl,,,,报告写作,,,,软件,,,,Mrnamicroarray
版本 1.14.0
在生物导体中 Bioc 3.1(R-3.2)(4年)
执照 艺术2.0
要看 R(> = 3.2),方法
进口 AnnotationDbi(> = 1.26.0),org.hs.eg.db(> = 2.14.0),生物酶(> = 2.24.0),尼特(> = 1.12),NMF(> = 0.20.5),rcolorbrewer(> = 1.0-5),PNG(> = 0.1-7)
链接
建议 roxygen2(> = 4.0.1),测试,,,,生物使用,,,,尼特,,,,rmarkDown
系统要求
增强
URL
取决于我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包装档案

跟随bob 体育网址 在R会话中使用此软件包的说明。

源包 nanostringqccpro_1.14.0.tar.gz
Windows二进制 nanostringqccpro_1.14.0.zip(32-和64位)
Mac OS X 10.11(El Capitan) nanostringqccpro_1.14.0.tgz
源存储库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/nanostringqccpro
源存储库(开发人员访问) git clone git@git.bioconductor.org:packages/nanostringqccpro
包装短URL //www.anjoumacpherson.com/packages/nanostringqcpro/
软件包下载报告 下载统计

文档»

生物导体

r/克兰软件包和文档

支持»

请阅读发布指南。向以下位置之一发布有关生物导体的问题:

  • 支持网站- 有关生物处理套件的问题
  • 正常词 邮件列表 - 包装开发人员bob电竞体育官网