NADFINDER

doi：10.18129/b9.bioc.nadfinder

该包适用于生物导体的3.8版；对于稳定的最新版本，请参阅NADFINDER。

调用宽峰进行测序数据

生物导体版本：3.8

核仁是真核细胞中核内部的重要结构。它是将rDNA转录为rRNA和组装核糖体（又称核糖体生物发生）的部位。另外，核仁是动态枢纽，许多蛋白质穿梭并接触特定的非RDNA基因组基因局基因座。与分离的核仁（NAD-SEQ）相关的DNA的深层测序分析表明，特定的基因座称为核仁 - 相关结构域（NADS），形成与核仁的三维相关性。NAD-SEQ已用于研究NAD的生物学功能和胚胎干细胞（ESC）分化过程中NAD分布的动力学。在这里，我们开发了一种生物处理程序包NADFINDER，用于对NAD-SEQ数据的生物信息学分析，包括标准化，平滑，峰值调用，峰值修剪和注释。

作者：Jianhong OU，Haibo Liu，Jun Yu，HervéPagès，Paul Kaufman，Lihua Julie Zhu

维护者：jianhong ou ，lihua julie zhu

安装

要安装此软件包，请启动R（版本“ 3.5”）并输入：

if（！sireseenamespace（“ biocmanager”，悄悄= true））install.packages（“ biocmanager”）biocmanager :: install（“ nadfinder”）

对于R的较旧版本，请参考适当的生物导体释放。

文档

要查看系统中安装此软件包的版本的文档，请启动R并输入：

Browsevignettes（“ nadfinder”）

html	R脚本	nadfinder.html
PDF		参考手册

细节

生物浏览	dnaseq，，，，结肠管制，，，，峰值探测，，，，测序，，，，软件
版本	1.6.1
在生物导体中	Bioc 3.5（R-3.4）（2年）
执照	GPL（> = 2）
要看	r（> = 3.4），生物基因，，，，iranges，，，，基因组机，，，，S4VECTORS，，，，总结性特征
进口	图形，方法，基线，，，，信号，，，，基因组签名，，，，GenomeInfodB，，，，rtracklayer，，，，林玛，，，，TrackViewer，统计，utils，rsamtools，，，，代码，，，，经验棕色，，，，atacseqqc，，，，Corrplot，，，，CSAW
链接
建议	运行，，，，生物使用，，，，尼特，，，，bsgenome.mmusculus.ucsc.mm10，，，，测试，，，，生物管理器
系统要求
增强
URL
取决于我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包装档案

跟随bob 体育网址 在R会话中使用此软件包的说明。

源包	nadfinder_1.6.1.tar.gz
Windows二进制	nadfinder_1.6.1.zip（32-和64位）
Mac OS X 10.11（El Capitan）	nadfinder_1.6.1.tgz
源存储库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/nadfinder
源存储库（开发人员访问）	git clone git@git.bioconductor.org：packages/nadfinder
包装短URL	//www.anjoumacpherson.com/packages/nadfinder/
软件包下载报告	下载统计