MSnbase

DOI:10.18129 / B9.bioc.MSnbase

这个包适用于Bioconductor 3.8版;有关稳定的最新发布版本，请参见MSnbase．

质谱和蛋白质组学的基本功能和类

Bioconductor版本:3.8

MSnbase为质谱和蛋白质组学数据的操作、处理和可视化提供了基础设施，从原始数据到定量数据和注释数据。

作者:Laurent Gatto, Johannes Rainer和Sebastian Gibb，由Guangchuang Yu, Samuel Wieczorek, vasille - cosmin Lazar, Vladislav Petyuk, Thomas Naake, Richie Cotton, Arne Smits, Martina Fisher, Ludger Goeminne, Adriaan Sticker和Lieven Clement贡献。

维护者:Laurent Gatto

安装

要安装这个包，启动R (version "3.5")并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager"， quiet = TRUE) install.packages("BiocManager") BiocManager::install("MSnbase")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“MSnbase”)

超文本标记语言	R脚本	一个简短的介绍' MSnbase '开发
超文本标记语言	R脚本	基于ms的蛋白质组学的基本函数和类
超文本标记语言	R脚本	MSnbase IO能力
超文本标记语言	R脚本	MSnbase2基准测试
超文本标记语言	R脚本	MSnbase:剖面模式质谱数据的中心化
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细节

biocViews	DataImport，ImmunoOncology，基础设施，MassSpectrometry，蛋白质组学，质量控制，软件
版本	2.8.3
在Bioconductor	BioC 2.8 (R-2.13)(8年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R(>= 3.1)，方法，BiocGenerics(> =是0.7.1),Biobase(> = 2.15.2),mzR(> = 2.15.1),S4Vectors，ProtGenerics(> = 1.9.1)
进口	BiocParallel，IRanges(> = 2.13.28),plyr，preprocessCore，vsn， grid, stats4，affy，嫁祸于，pcaMethods，MALDIquant(> = 1.16),mzID(> = 1.5.2),消化，晶格，ggplot2，XML，尺度，质量，Rcpp
链接	Rcpp
建议	testthat，pryr，gridExtra，微基准测试，动物园，knitr(> = 1.1.0版),的方式，Rdisop，pRoloc，pRolocdata(> = 1.7.1上),msdata(> = 0.19.3),roxygen2，rgl，rpx，AnnotationHub，BiocStyle(> = 2.5.19),rmarkdown，imputeLCMD，规范，gplots，闪亮的，magrittr，SummarizedExperiment
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/lgatto/MSnbase
BugReports	https://github.com/lgatto/MSnbase/issues
全靠我	msmsEDA，msmsTests，ProCoNA，pRoloc，pRolocdata，pRolocGUI，蛋白质组学，proteoQC，qPLEXanalyzer，RforProteomics，synapter，xcms
进口我	DAPAR，DAPARdata，部，MSnID，MSstatsQC，Pbase，ProteomicsAnnotationHubData，qPLEXdata，RMassBank，topdownr
建议我	AnnotationHub，biobroom，BiocGenerics，等压线，msdata，qcmetrics，readat，rpx
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	MSnbase_2.8.3.tar.gz
Windows二进制	MSnbase_2.8.3.zip
Mac OS X 10.11 (El Capitan)	MSnbase_2.8.3.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/MSnbase
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/MSnbase
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/MSnbase/
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