MSnID

DOI:10.18129 / B9.bioc.MSnID

这个包是3.8版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅MSnID。

勘探和评估工具的信心LC-MSn鉴定蛋白质组学

Bioconductor版本:3.8

提取从mzIdentML MS / MS ID数据(利用mzID包)或文本文件。来自多个数据集的排序搜索结果后评估鉴定质量和优化筛选标准来实现识别的最大数量,同时不超过指定的错误发现率。还包含许多公用事业探索MS / MS的结果和评估错过和不规则的酶促分裂,质量测量精度等。

作者:弗拉德Petyuk Laurent与贡献

维护人员:弗拉德Petyuk < Petyuk gmail.com >

安装

安装这个包,开始R(版本“3.5”)并输入:

如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“MSnID”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

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browseVignettes (“MSnID”)

PDF	R脚本	MSnID包处理MS / MS标识
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	ImmunoOncology,MassSpectrometry,蛋白质组学,软件
版本	1.16.1
Bioconductor自	BioC 3.0 (r - 3.1)(4.5年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R (> = 2.10),Rcpp
进口	MSnbase(> = 1.12.1),mzID(> = 1.3.5),R.cache,foreach,doParallel、并行、方法迭代器,data.table,Biobase,ProtGenerics,reshape2,dplyr,mzR
链接
建议	BiocStyle,msmsTests,ggplot2,RUnit,BiocGenerics
SystemRequirements
增强了
URL
取决于我	蛋白质组学
进口我
建议我	RforProteomics
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	MSnID_1.16.1.tar.gz
Windows二进制	MSnID_1.16.1.zip(32位和64位)
Mac OS X 10.11(埃尔卡皮坦)	MSnID_1.16.1.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/MSnID
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ MSnID
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/MSnID/
包下载报告	下载数据