MEDIPS

DOI:10.18129 / B9.bioc.MEDIPS

这个包适用于Bioconductor 3.8版;有关稳定的最新发布版本,请参见MEDIPS

DNA IP-seq数据分析

Bioconductor版本:3.8

MEDIPS是用于分析甲基化DNA免疫沉淀(MeDIP)实验和测序(MeDIP-seq)的数据。然而,MEDIPS为任何类型的定量测序数据(如ChIP-seq, MBD-seq, CMS-seq等)的分析提供了功能,包括计算样本组间的差异覆盖率和饱和度以及相关性分析。

作者:卢卡斯·查韦斯,马蒂亚斯·林哈德,约恩·迪特里希,艾萨克·洛佩兹·莫亚多

维护者:Lukas Chavez

引文(从R内,输入引用(“MEDIPS”)):

安装

要安装这个包,启动R (version "3.5")并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager", quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

对于R的旧版本,请参考相应的Bioconductor释放

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档,请启动R并输入:

browseVignettes(“MEDIPS”)

PDF R脚本 MEDIPS
PDF 参考手册

细节

biocViews ChIPSeqCopyNumberVariation报道CpGIslandDNAMethylationDifferentialExpression遗传学GenomeAnnotation微阵列预处理质量控制SequenceMatching测序软件可视化
版本 1.34.0
在Bioconductor BioC 2.7 (R-2.12)(8.5年)
许可证 GPL (> = 2)
取决于 R (>= 3.0),BSgenomeRsamtools
进口 GenomicRangesBiostrings、图形、gtoolsIRanges,方法,统计,utils,刨边机DNAcopybiomaRtrtracklayerpreprocessCore
链接
建议 BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19MEDIPSDataBiocStyle
SystemRequirements
增强了
URL
全靠我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包 MEDIPS_1.34.0.tar.gz
Windows二进制 MEDIPS_1.34.0.zip
Mac OS X 10.11 (El Capitan) MEDIPS_1.34.0.tgz
源库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/MEDIPS
源存储库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:packages/MEDIPS
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/MEDIPS/
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