桅杆

DOI:10.18129 / B9.bioc.MAST

这个包适用于Bioconductor 3.8版;有关稳定的最新发布版本,请参见桅杆

基于模型的单细胞转录组学分析

Bioconductor版本:3.8

处理零膨胀单细胞分析数据的方法和模型。

作者:Andrew McDavid [aut, cre], Greg Finak [aut], Masanao Yajima [aut]

维护者:Andrew McDavid

引文(从R内,输入引用(“桅杆”)):

安装

要安装这个包,启动R (version "3.5")并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager", quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")::install("MAST")

对于R的旧版本,请参考相应的Bioconductor释放

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档,请启动R并输入:

browseVignettes(“桅杆”)

超文本标记语言 R脚本 桅杆简介
超文本标记语言 R脚本 MAST和singlecelexperimental -derived包之间的互操作性
超文本标记语言 R脚本 利用MAST对MAIT细胞进行筛选、差异表达和基因集富集
PDF 参考手册
文本 新闻

细节

biocViews DifferentialExpressionGeneExpressionGeneSetEnrichmentRNASeqSingleCell软件转录组
版本 1.8.2
在Bioconductor BioC 3.4 (R-3.3)(2.5年)
许可证 GPL (> = 2)
取决于 SingleCellExperiment(>= 1.2.0), r (>= 3.5)
进口 BiobaseBiocGenericsS4Vectorsdata.tableggplot2plyrstringrabind,方法,并行,reshape2, stats, stats4,图形,utils,SummarizedExperiment(> = 1.5.3)更正,进步
链接
建议 knitrrmarkdowntestthatlme4(> = 1.0),roxygen2(> 4.0.0),numDerivgdata晶格GGallyGSEABaseNMFTxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGenersvdlimmaRColorBrewerBiocStyle
SystemRequirements
增强了
URL https://github.com/RGLab/MAST/
BugReports https://github.com/RGLab/MAST/issues
全靠我
进口我 celarefsingleCellTK
建议我 clusterExperiment
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包 MAST_1.8.2.tar.gz
Windows二进制 MAST_1.8.2.zip
Mac OS X 10.11 (El Capitan) MAST_1.8.2.tgz
源库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/MAST
源存储库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:packages/MAST
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/MAST/
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