KEGGgraph

DOI:10.18129 / B9.bioc.KEGGgraph

这个包适用于Bioconductor 3.8版;有关稳定的最新发布版本，请参见KEGGgraph。

KEGGgraph: R和Bioconductor中KEGG通路的图形方法

Bioconductor版本:3.8

KEGGGraph是KEGG路径和图形对象之间的接口，也是用于分析、解析和可视化这些图形的工具集合。它将定期更新的KGML (KEGG XML)文件解析为维护所有基本路径属性的图模型。该软件包提供了包括解析、图形操作、可视化等功能。

作者:张季涛，Paul Shannon撰稿

维护者:Jitao David Zhang

安装

要安装这个包，启动R (version "3.5")并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放。

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“KEGGgraph”)

PDF	R脚本	KEGGgraph应用实例
PDF	R脚本	KEGGgraph: KEGG路径的图形方法
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	GraphAndNetwork，KEGG，通路，软件，可视化
版本	1.42.0
在Bioconductor	BioC 2.4 (R-2.9)(10年)
许可证	GPL (>= 2)
取决于	R (>= 2.10.0)
进口	方法,XML(2.3 > = 0),图,跑龙套
链接
建议	Rgraphviz，RBGL，RUnit，RColorBrewer，KEGG.db，org.Hs.eg.db，hgu133plus2.db，SPIA
SystemRequirements
增强了
URL	http://www.nextbiomotif.com
全靠我	ROntoTools，SPIA
进口我	限幅器，DEGraph，EnrichmentBrowser，KEGGlincs，MetaboSignal，MWASTools，NCIgraph，pathview
建议我	DEGraph，GenomicRanges
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	KEGGgraph_1.42.0.tar.gz
Windows二进制	KEGGgraph_1.42.0.zip
Mac OS X 10.11 (El Capitan)	KEGGgraph_1.42.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/KEGGgraph
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/KEGGgraph
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/KEGGgraph/
软件包下载报告	下载数据