JunctionSeq

DOI:10.18129 / B9.bioc.JunctionSeq

这个包适用于Bioconductor 3.8版;有关稳定的最新发布版本，请参见JunctionSeq．

JunctionSeq:用于检测RNA-Seq数据中的差异外显子和剪接结使用的实用程序

Bioconductor版本:3.8

RNA-Seq数据中差分外显子或剪接结使用的检测和可视化实用程序。

作者:Stephen Hartley [aut, cre](博士)，Simon Anders [cph]， Alejandro Reyes [cph]

维护者:Stephen Hartley

安装

要安装这个包，启动R (version "3.5")并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“JunctionSeq”)

PDF		JunctionSeq装饰图案
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	DifferentialExpression，ImmunoOncology，RNASeq，测序，软件
版本	1.12.1
在Bioconductor	BioC 3.3 (R-3.3)(3年)
许可证	文件许可
取决于	R(>= 3.2.2)，方法，SummarizedExperiment(> = 0.2.0),Rcpp(> = 0.11.0)它,RcppArmadillo(> = 0.3.4.4)
进口	DESeq2(> = 1.10.0),statmod，Hmisc，plotrix，stringr，Biobase(> = 2.30.0),locfit，BiocGenerics(> = 0.7.5),BiocParallel，genefilter，geneplotter，S4Vectors，IRanges，GenomicRanges
链接	Rcpp，RcppArmadillo
建议	质量，knitr，JctSeqData，BiocStyle
SystemRequirements
增强了	开罗，pryr
URL	http://hartleys.github.io/JunctionSeq/index.html
BugReports	https://github.com/hartleys/JunctionSeq/issues
全靠我
进口我	PathwaySplice
建议我	JctSeqData
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	JunctionSeq_1.12.1.tar.gz
Windows二进制	JunctionSeq_1.12.1.zip(32位和64位)
Mac OS X 10.11 (El Capitan)	JunctionSeq_1.12.1.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/JunctionSeq
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/JunctionSeq
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/JunctionSeq/
软件包下载报告	下载数据