该包适用于生物导体的3.8版;对于稳定的最新版本,请参阅同工型间分析仪。
生物导体版本:3.8
同工型间分析仪可以通过Kallisto,Salmon,Cufflinks/Cuffdiff,RSEM等对具有预测功能后果的替代剪接和同工型开关进行鉴定和分析。
作者:Kristoffer Vitting-seerup
维护者:kristoffer vitting-seerup
引用(从r内,输入引用(“ Isoformswitchanalyzer”)
):
要安装此软件包,请启动R(版本“ 3.5”)并输入:
if(!sireseenamespace(“ biocmanager”,悄悄= true))install.packages(“ biocmanager”)biocmanager :: install(“ isoformswitchanalyzer”)
对于R的较旧版本,请参考适当的生物导体释放。
要查看系统中安装此软件包的版本的文档,请启动R并输入:
Browsevignettes(“ Isoformswitchanalyzer”)
html | R脚本 | 同工型间分析仪 |
参考手册 | ||
文本 | 消息 |
生物浏览 | 替代方案,,,,注解,,,,批处理效应,,,,生物医学信息学,,,,DataImport,,,,差异性,,,,差速器,,,,功能基因组学,,,,功能性预测,,,,基因表达,,,,遗传,,,,多重组合,,,,rnaseq,,,,软件,,,,统计信息,,,,系统生物学,,,,转录,,,,转录组变量,,,,转录组学,,,,可视化 |
版本 | 1.4.0 |
在生物导体中 | Bioc 3.6(R-3.4)(1。5年) |
执照 | GPL(> = 2) |
要看 | r(> = 3.5),林玛,,,,dexseq,,,,GGPLOT2 |
进口 | 方法,BSGENOME,,,,plyr,,,,RESHAPE2,,,,栅格,,,,生物弦,,,,iranges,,,,基因组机,,,,Drimseq,,,,rcolorbrewer,,,,rtracklayer,,,,Venndiagram,,,,DBI,grdevices,图形,统计,utils,GenomeInfodB, 网格,tximport(> = 1.7.1),EDGER,,,,徒劳,,,,林玛,,,,Stringr,,,,dplyr,,,,马格里特,,,,readr |
链接 | |
建议 | 尼特,,,,bsgenome.hsapiens.ucsc.hg19,,,,腹带 |
系统要求 | |
增强 | |
URL | //www.anjoumacpherson.com/packages/isoformswitchanalyzer/ |
BugReports | https://github.com/kvittingseerup/isoformswitchanalyzer/issues |
取决于我 | |
进口我 | |
建议我 | |
链接到我 | |
构建报告 |
跟随bob 体育网址 在R会话中使用此软件包的说明。
源包 | isoformswitchanalyzer_1.4.0.tar.gz |
Windows二进制 | Isoformswitchanalyzer_1.4.0.zip(32-和64位) |
Mac OS X 10.11(El Capitan) | Isoformswitchanalyzer_1.4.0.tgz |
源存储库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/isoformswitchanalyzer |
源存储库(开发人员访问) | git clone git@git.bioconductor.org:packages/isoformswitchanalyzer |
包装短URL | //www.anjoumacpherson.com/packages/isoformswitchanalyzer/ |
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