InteractionSet

DOI:10.18129 / B9.bioc.InteractionSet

这个包是3.8版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅InteractionSet。

基类来存储基因组交互数据

Bioconductor版本:3.8

提供了GInteractions, InteractionSet ContactMatrix对象和相关的方法来存储和操纵基因交互数据从高c和ChIA-PET实验。

作者:亚伦Lun (aut (cre),马尔科姆·佩里(aut),伊丽莎白Ing-Simmons (aut)

维护人员:亚伦Lun < infinite.monkeys.with。键盘在gmail.com >

安装

安装这个包,开始R(版本“3.5”)并输入:

如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“InteractionSet”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“InteractionSet”)

HTML	R脚本	与InteractionSet交互类基因交互数据
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	DataRepresentation,嗝,基础设施,软件
版本	1.10.0
Bioconductor自	BioC 3.3 (r - 3.3)(3年)
许可证	GPL-3
取决于	R (> = 3.5),GenomicRanges,SummarizedExperiment
进口	IRanges,S4Vectors(> = 0.19.4),GenomeInfoDb,BiocGenerics、方法、矩阵,Rcpp
链接	Rcpp
建议	testthat,knitr,rmarkdown,BiocStyle
SystemRequirements	c++ 11
增强了
URL
取决于我	diffHic,GenomicInteractions,MACPET,sevenC
进口我	CAGEfightR,HiCcompare,trackViewer
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	InteractionSet_1.10.0.tar.gz
Windows二进制	InteractionSet_1.10.0.zip(32位和64位)
Mac OS X 10.11(埃尔卡皮坦)	InteractionSet_1.10.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/InteractionSet
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ InteractionSet
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/InteractionSet/
包下载报告	下载数据