InPAS

DOI:10.18129 / B9.bioc.InPAS

这个包是3.8版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅InPAS。

识别小说替代聚腺苷酸化网站(PAS)

Bioconductor版本:3.8

可变聚腺苷酸化(APA)是一种重要的转录后调控机制发生在大多数人类基因。InPAS有助于发现小说从RNAseq APA网站数据。它利用cleanUpdTSeq微调了APA网站。

作者:Jianhong Ou,唱Mi公园,迈克尔·r·格林和丽华朱莉朱

维护人员:Jianhong Ou <,或者在duke.edu >、丽华朱莉朱<朱莉。朱:umassmed.edu >

安装

安装这个包,开始R(版本“3.5”)并输入:

如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“InPAS”)

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文档

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HTML	R脚本	InPAS装饰图案
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文本		新闻

细节

biocViews	AlternativeSplicing,报道,DifferentialSplicing,GeneRegulation,ImmunoOncology,RNASeq,测序,软件,转录
版本	1.14.2
Bioconductor自	BioC 3.1 (r - 3.2)(4年)
许可证	GPL (> = 2)
取决于	R(> = 3.1),方法,Biobase,GenomicRanges,GenomicFeatures,S4Vectors
进口	AnnotationDbi,BSgenome,cleanUpdTSeq,Gviz,seqinr,preprocessCore,IRanges,GenomeInfoDb,depmixS4,limma,BiocParallel
链接
建议	RUnit,BiocGenerics,BiocStyle,BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19,BSgenome.Mmusculus.UCSC.mm10,org.Hs.eg.db,org.Mm.eg.db,TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene,TxDb.Mmusculus.UCSC.mm10.knownGene,rtracklayer,knitr
SystemRequirements
增强了
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取决于我
进口我
建议我
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构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	InPAS_1.14.2.tar.gz
Windows二进制	InPAS_1.14.2.zip
Mac OS X 10.11(埃尔卡皮坦)	InPAS_1.14.2.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/InPAS
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ InPAS
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/InPAS/
包下载报告	下载数据