HiTC

DOI:10.18129 / B9.bioc.HiTC

这个包适用于Bioconductor 3.8版;有关稳定的最新发布版本，请参见HiTC．

高通量染色体构象捕获分析

Bioconductor版本:3.8

HiTC包的开发是为了探索高通量的“C”数据，如5C或Hi-C。还提供了专门的R类以及用于质量控制、规范化、可视化和进一步分析的标准方法。

作者:Nicolas Servant

维护者:Nicolas Servant < Nicolas。curie.fr>的仆人

安装

要安装这个包，启动R (version "3.5")并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")::install("HiTC")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(类似“HiTC”)

PDF	R脚本	利用HiTC进行Hi-C数据分析
PDF	R脚本	HiTC包介绍
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	嗝，HighThroughputSequencing，测序，软件
版本	1.26.0
在Bioconductor	BioC 2.10 (R-2.15)(7年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R(>= 2.15.0)，方法，IRanges，GenomicRanges
进口	Biostrings，图形，grDevices，rtracklayer，RColorBrewer，矩阵平行,GenomeInfoDb
链接
建议	BiocStyle，HiCDataHumanIMR90
SystemRequirements
增强了
URL
全靠我
进口我
建议我	HiCDataHumanIMR90
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	HiTC_1.26.0.tar.gz
Windows二进制	HiTC_1.26.0.zip
Mac OS X 10.11 (El Capitan)	HiTC_1.26.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/HiTC
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/HiTC
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/HiTC/
软件包下载报告	下载数据