HiCBricks

DOI:10.18129 / B9.bioc.HiCBricks

这个包是3.8版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅HiCBricks。

框架通过HDF文件存储和访问高c数据

Bioconductor版本:3.8

一个灵活的框架,用于存储和访问高分辨率高c数据通过HDF文件。HiCBricks允许进口高c数据通过2 d矩阵等各种格式格式或广义n列表的格式。访问,HiCBricks提供函数来检索值从基因组位点隔开一定距离,或获取的能力矩阵使用单词相似术语子集。HiCBricks将在晚些时候提供的能力获取多个子集矩阵使用更少的电话。它提供能力来存储GenomicRanges可能关联到一个特定的高c实验,做基本范围重叠(任何)高c实验相关的对象和范围还存储任何元数据,用户可能会认为是相关的高c实验。最后,你可以与迷幻药和创建漂亮的热图的电话。

作者:Koustav Pal (aut (cre),卡门Livi(施)

维护人员:Koustav Pal < Koustav。朋友在ifom.eu >

安装

安装这个包,开始R(版本“3.5”)并输入:

如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“HiCBricks”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“HiCBricks”)

PDF	R脚本	HiCBricks
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	DataImport,嗝,基础设施,测序,软件,技术
版本	1.0.0
Bioconductor自	BioC 3.8 (r - 3.5)(0.5年)
许可证	麻省理工学院+文件许可
取决于	R(> = 3.5),跑龙套,旋度,rhdf5,R6、网格
进口	ggplot2,冬青,RColorBrewer,尺度,reshape2,stringr,data.table,GenomeInfoDb,GenomicRanges统计数据,IRangesgrDevices,S4Vectors,消化,BiocFileCache,rappdirs
链接
建议
SystemRequirements
增强了
URL
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	HiCBricks_1.0.0.tar.gz
Windows二进制	HiCBricks_1.0.0.zip
Mac OS X 10.11(埃尔卡皮坦)	HiCBricks_1.0.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/HiCBricks
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ HiCBricks
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/HiCBricks/
包下载报告	下载数据