htsfilter

doi:10.18129/b9.bioc.htsfilter

该包适用于生物导体的3.8版;对于稳定的最新版本,请参阅htsfilter

滤波器复制的高通量转录组测序数据

生物导体版本:3.8

该软件包实现了基于全局JACCARD相似性指数的复制转录组测序数据的过滤过程,以识别一个或多个实验条件下表达水平较低的基因。

作者:Andrea Rau,Melina Gallopin,Gilles Celeux和Florence Jaffrezic

维护者:Andrea rau

引用(从r内,输入引用(“ htsfilter”)):

安装

要安装此软件包,请启动R(版本“ 3.5”)并输入:

if(!sireseenamespace(“ biocmanager”,悄悄= true))install.packages(“ biocmanager”)biocmanager :: install(“ htsfilter”)

对于R的较旧版本,请参考适当的生物导体释放

文档

要查看系统中安装此软件包的版本的文档,请启动R并输入:

browsevignettes(“ htsfilter”)

PDF R脚本 htsfilter小插图
PDF 参考手册
文本 消息

细节

生物浏览 差异性,,,,基因表达,,,,免疫学,,,,正常化,,,,预处理,,,,rnaseq,,,,测序,,,,软件
版本 1.22.1
在生物导体中 Bioc 2.12(R-3.0)(6年)
执照 艺术2.0
要看 R(> = 3.4)
进口 EDGER(> = 3.9.14),deseq2(> = 1.10.1),deseq(> = 1.22.1),生物比较(> = 1.4.3),生物酶,utils,统计,grdevices,图形,方法
链接
建议 EDASEQ(> = 2.1.4),生物使用,,,,测试
系统要求
增强
URL
取决于我
进口我 Coseq
建议我
链接到我
构建报告

包装档案

跟随bob 体育网址 在R会话中使用此软件包的说明。

源包 htsfilter_1.22.1.tar.gz
Windows二进制 htsfilter_1.22.1.zip
Mac OS X 10.11(El Capitan) htsfilter_1.22.1.tgz
源存储库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/htsfilter
源存储库(开发人员访问) git clone git@git.bioconductor.org:packages/htsfilter
包装短URL //www.anjoumacpherson.com/packages/htsfilter/
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