HMMcopy

DOI:10.18129 / B9.bioc.HMMcopy

这个包适用于Bioconductor 3.8版;有关稳定的最新发布版本，请参见HMMcopy．

拷贝数预测与校正GC和HTS数据的映射偏差

Bioconductor版本:3.8

纠正了单个全基因组样本固定长度非重叠窗口中读数计数(即覆盖率)的GC和可映射性偏差，产生用于进一步分析的拷贝数的粗略估计。设计用于快速校正高覆盖率全基因组肿瘤和正常样本。

作者:Daniel Lai, Gavin Ha, Sohrab Shah

维护者:Daniel Lai <达赖在bccrc。ca>， Sohrab Shah

安装

要安装这个包，启动R (version "3.5")并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")::install("HMMcopy")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“HMMcopy”)

PDF	R脚本	HMMcopy
PDF		参考手册

细节

biocViews	CopyNumberVariation，微阵列，预处理，测序，软件，可视化
版本	1.24.0
在Bioconductor	BioC 2.11 (R-2.15)(6.5年)
许可证	GPL-3
取决于	R (>= 2.10.0)，IRanges(> = 1.4.16),geneplotter(> = 1.24.0)
进口
链接
建议
SystemRequirements
增强了
URL
全靠我
进口我	qsea
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	HMMcopy_1.24.0.tar.gz
Windows二进制	HMMcopy_1.24.0.zip(32位和64位)
Mac OS X 10.11 (El Capitan)	HMMcopy_1.24.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/HMMcopy
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/HMMcopy
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/HMMcopy/
软件包下载报告	下载数据