HDF5Array

doi:10.18129/b9.bioc.hdf5array

该包适用于生物导体的3.8版;对于稳定的最新版本,请参阅HDF5Array

HDF5后端用于延迟的对象

生物导体版本:3.8

实现HDF5Array和Tenxmatrix类,2个方便且内存效率的类似阵列的容器,用于HDF5数据集的盘表示。HDF5Array适用于使用常规(即密度)HDF5表示的数据集。Tenxmatrix用于使用10倍基因组学(例如130万个脑细胞数据集)的基于HDF5的稀疏基质表示的数据集。这两个容器都是延迟的扩展,它们都支持延迟的对象支持的所有操作。这些操作可以延迟或进行阻止处理。

作者:HervéPagès

维护者:fredhutch.org上的hervépagès

引用(从r内,输入引用(“ HDF5Array”)):

安装

要安装此软件包,请启动R(版本“ 3.5”)并输入:

if(!sireseenamespace(“ biocmanager”,悄悄= true))install.packages(“ biocmanager”)biocmanager :: install(“ hdf5array”)

对于R的较旧版本,请参考适当的生物导体释放

文档

PDF 参考手册
文本 消息

细节

生物浏览 注解,,,,覆盖范围,,,,DataImport,,,,datarepresentation,,,,基因数,,,,免疫学,,,,基础设施,,,,rnaseq,,,,测序,,,,Singlecell,,,,软件
版本 1.10.1
在生物导体中 Bioc 3.3(R-3.3)(3年)
执照 艺术2.0
要看 R(> = 3.4),方法,延迟(> = 0.7.41),RHDF5(> = 2.25.6)
进口 UTIT,工具,生物基因(> = 0.25.1),S4VECTORS,,,,iranges
链接
建议 H5VCDATA,,,,总结性特征(> = 1.9.6),基因组机,,,,实验室,,,,生物比较,,,,生物使用
系统要求
增强
URL
取决于我 Genogam,,,,tenxbraindata,,,,tenxpbmcdata
进口我 beachmat,,,,BSSEQ,,,,簇发酵,,,,延迟的matrixstats,,,,液滴,,,,loomexpermiment,,,,Minfi,,,,Scmeth
建议我 Biocsklearn,,,,延迟,,,,多亚sayExexperiment,,,,斯克兰,,,,总结性特征
链接到我
构建报告

包装档案

跟随bob 体育网址 在R会话中使用此软件包的说明。

源包 hdf5array_1.10.1.tar.gz
Windows二进制 hdf5array_1.10.1.zip
Mac OS X 10.11(El Capitan) hdf5array_1.10.1.tgz
源存储库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/hdf5array
源存储库(开发人员访问) git clone git@git.bioconductor.org:packages/hdf5array
包装短URL //www.anjoumacpherson.com/packages/hdf5array/
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