GenomicFeatures
DOI:
10.18129 / B9.bioc.GenomicFeatures
此包适用于Bioconductor的3.8版本;有关稳定的最新发布版本，请参见GenomicFeatures．
用于制作和操作以文本为中心的注释的工具
Bioconductor版本:3.8
一组用于制作和操作以文本为中心的注释的工具和方法。有了这些工具，用户可以轻松地从UCSC基因组浏览器或BioMart数据库(未来将支持更多来源)下载给定生物体的转录本、外显子和cd的基因组位置。然后，这些信息被存储在一个本地数据库中，该数据库跟踪记录了转录本、外显子、cd和基因之间的关系。为以方便的格式提取所需的特征提供了灵活的方法。
作者:M. Carlson, H. Pagès, P. abyoun, S. Falcon, M. Morgan, D. Sarkar, M. Lawrence, V. Obenchain
维护者:Bioconductor包维护者< Bioconductor .org>的维护者
引用(从R中，输入引用(“GenomicFeatures”))：
安装
要安装这个包，启动R(版本“3.5”)并输入:
如果(!install.packages("BiocManager") BiocManager::install(" genomics features ")
对于较老版本的R，请参考相应的Bioconductor释放．
文档
要查看系统中安装的此包版本的文档，请从R开始并输入:
browseVignettes(“GenomicFeatures”)
细节
| biocViews |
注释，遗传学，GenomeAnnotation，基础设施，测序，软件 |
| 版本 |
1.34.8 |
| Bioconductor自 |
BioC 2.5 (R-2.10)(9.5年) |
| 许可证 |
艺术- 2.0 |
| 取决于 |
BiocGenerics(> = 0.1.0),S4Vectors(> = 0.17.29),IRanges(> = 2.13.23),GenomeInfoDb(> = 1.15.4),GenomicRanges(> = 1.31.17),AnnotationDbi(> = 1.41.4) |
| 进口 |
方法，utils，统计，工具，DBI，RSQLite(> = 2.0),RCurl，XVector(> = 0.19.7),Biostrings(> = 2.47.6),rtracklayer(> = 1.39.7),biomaRt(> = 2.17.1),Biobase(> = 2.15.1) |
| 链接 |
|
| 建议 |
RMariaDB，org.Mm.eg.db，org.Hs.eg.db，BSgenome，BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19(> = 1.3.17),BSgenome.Celegans.UCSC.ce2，BSgenome.Dmelanogaster.UCSC.dm3(> = 1.3.17),mirbase.db，FDb.UCSC.tRNAs，TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene，TxDb.Dmelanogaster.UCSC.dm3.ensGene(> = 2.7.1),TxDb.Mmusculus.UCSC.mm10.knownGene，TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.lincRNAsTranscripts，TxDb.Hsapiens.UCSC.hg38.knownGene，SNPlocs.Hsapiens.dbSNP144.GRCh38，Rsamtools，pasillaBamSubset(> = 0.0.5),GenomicAlignments(> = 1.15.7),ensembldb，RUnit，BiocStyle，knitr |
| SystemRequirements |
|
| 增强了 |
|
| URL |
|
| 取决于我 |
cpvSNP，ensembldb，exomePeak，FDb.FANTOM4.promoters.hg19，FDb.InfiniumMethylation.hg18，FDb.InfiniumMethylation.hg19，FDb.UCSC.snp135common.hg19，FDb.UCSC.snp137common.hg19，FDb.UCSC.tRNAs，generegulation，GSReg，吉他，HelloRanges，Homo.sapiens，ima，InPAS，iva，Mus.musculus，mygene，OrganismDbi，先驱者，RareVariantVis，Rattus.norvegicus，RNAprobR，rnaseqGene，SplicingGraphs，TxDb.Athaliana.BioMart.plantsmart22，TxDb.Athaliana.BioMart.plantsmart25，TxDb.Athaliana.BioMart.plantsmart28，TxDb.Btaurus.UCSC.bosTau8.refGene，TxDb.Celegans.UCSC.ce11.refGene，TxDb.Celegans.UCSC.ce6.ensGene，TxDb.Cfamiliaris.UCSC.canFam3.refGene，TxDb.Dmelanogaster.UCSC.dm3.ensGene，TxDb.Dmelanogaster.UCSC.dm6.ensGene，TxDb.Drerio.UCSC.danRer10.refGene，TxDb.Ggallus.UCSC.galGal4.refGene，TxDb.Ggallus.UCSC.galGal5.refGene，TxDb.Hsapiens.BioMart.igis，TxDb.Hsapiens.UCSC.hg18.knownGene，TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene，TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.lincRNAsTranscripts，TxDb.Hsapiens.UCSC.hg38.knownGene，TxDb.Mmulatta.UCSC.rheMac3.refGene，TxDb.Mmulatta.UCSC.rheMac8.refGene，TxDb.Mmusculus.UCSC.mm10.ensGene，TxDb.Mmusculus.UCSC.mm10.knownGene，TxDb.Mmusculus.UCSC.mm9.knownGene，TxDb.Ptroglodytes.UCSC.panTro4.refGene，TxDb.Ptroglodytes.UCSC.panTro5.refGene，TxDb.Rnorvegicus.BioMart.igis，TxDb.Rnorvegicus.UCSC.rn4.ensGene，TxDb.Rnorvegicus.UCSC.rn5.refGene，TxDb.Rnorvegicus.UCSC.rn6.refGene，TxDb.Scerevisiae.UCSC.sacCer2.sgdGene，TxDb.Scerevisiae.UCSC.sacCer3.sgdGene，TxDb.Sscrofa.UCSC.susScr11.refGene，TxDb.Sscrofa.UCSC.susScr3.refGene |
| 进口我 |
AllelicImbalance，高山，AnnotationHubData，annotatr，appreci8R，ASpli，BiocOncoTK，biovizBase，bumphunter，CAGEfightR，卡斯珀，ChIPpeakAnno，ChIPQC，ChIPseeker，compEpiTools，CompGO，consensusDE，crisprseekplus，csaw，customProDB，derfinder，derfinderPlot，EDASeq，埃尔默，epivizrData，epivizrStandalone，esATAC，EventPointer，FDb.FANTOM4.promoters.hg19，FDb.InfiniumMethylation.hg18，FDb.InfiniumMethylation.hg19，FDb.UCSC.snp135common.hg19，FDb.UCSC.snp137common.hg19，FDb.UCSC.tRNAs，GA4GHshiny，genbankr，geneAttribution，geneLenDataBase，GenVisR，ggbio，gmapR，gQTLstats，Gviz，gwascat，Homo.sapiens，HTSeqGenie，icetea，检查，感兴趣，karyoploteR，光民，mCSEA，metagene，methyAnalysis，msgbsR，MTseeker，MTseekerData，Mus.musculus，ORFik，Organism.dplyr，PGA，proBAMr，PureCN，qpgraph，QuasR，Rattus.norvegicus，美国广播公司，rCGH，recountWorkflow，RiboProfiling，颈背，SGSeq，SplicingGraphs，分裂，srnadiff，systemPipeR，TCGAbiolinks，TCGAutils，TFEA。芯片，trackViewer，transcriptR，TxDb.Athaliana.BioMart.plantsmart22，TxDb.Athaliana.BioMart.plantsmart25，TxDb.Hsapiens.BioMart.igis，TxDb.Rnorvegicus.BioMart.igis，tximeta，Ularcirc，VariantAnnotation，VariantFiltering，VariantTools，wavClusteR |
| 建议我 |
AnnotationHub，biomvRCNS，Biostrings，BSgenome.Btaurus.UCSC.bosTau3，BSgenome.Btaurus.UCSC.bosTau4，BSgenome.Btaurus.UCSC.bosTau6，BSgenome.Btaurus.UCSC.bosTau8，BSgenome.Celegans.UCSC.ce10，BSgenome.Celegans.UCSC.ce11，BSgenome.Celegans.UCSC.ce2，BSgenome.Cfamiliaris.UCSC.canFam2，BSgenome.Cfamiliaris.UCSC.canFam3，BSgenome.Dmelanogaster.UCSC.dm2，BSgenome.Dmelanogaster.UCSC.dm6，BSgenome.Drerio.UCSC.danRer10，BSgenome.Drerio.UCSC.danRer5，BSgenome.Drerio.UCSC.danRer6，BSgenome.Drerio.UCSC.danRer7，BSgenome.Gaculeatus.UCSC.gasAcu1，BSgenome.Ggallus.UCSC.galGal3，BSgenome.Ggallus.UCSC.galGal4，BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg17，BSgenome.Mmulatta.UCSC.rheMac2，BSgenome.Mmulatta.UCSC.rheMac3，BSgenome.Mmusculus.UCSC.mm8，BSgenome.Ptroglodytes.UCSC.panTro2，BSgenome.Ptroglodytes.UCSC.panTro3，BSgenome.Rnorvegicus.UCSC.rn6，chipseq，chromPlot，CrispRVariants，腰带，DEXSeq，啪嗒啪嗒地响，GenomeInfoDb，GenomicAlignments，GenomicRanges，groHMM，IRanges，海市蜃楼，parathyroidSE，重新计票，RIPSeeker，Rsamtools，rtracklayer，ShortRead，Single.mTEC.Transcriptomes，SummarizedExperiment，TFutils，三硝基甲苯，wiggleplotr |
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