GenomeInfodB

doi：10.18129/b9.bioc.genomeinfodb

该包适用于生物导体的3.8版；对于稳定的最新版本，请参阅GenomeInfodB。

操纵染色体和其他“ seqname”标识符的实用程序

生物导体版本：3.8

包含定义并允许在不同染色体序列命名约定（例如“ Chr1” Vers“ 1”）之间进行翻译的数据和函数，其中包括试图将序列名称放置在其自然而不是词典学顺序中的函数。

作者：Sonali Arora，Martin Morgan，Marc Carlson，H。Pagès

维护者：bioconductor.org>的生物导体套件维护器<维护器>

安装

要安装此软件包，请启动R（版本“ 3.5”）并输入：

if（！sireseenamespace（“ biocmanager”，悄悄= true））install.packages（“ biocmanager”）biocmanager :: install（“ genomeInfodb”）

对于R的较旧版本，请参考适当的生物导体释放。

文档

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Browsevignettes（“ GenomeInfodB”）

PDF	R脚本	GenomeInfodB：GenomeInfodB简介
PDF	R脚本	GenomeInfodB：将您的生物提交给GenomeInfodB
PDF		参考手册
文本		消息
视频		简单的任务基因组知行

细节

生物浏览	注解，，，，datarepresentation，，，，遗传学，，，，基因数，，，，软件
版本	1.18.2
在生物导体中	Bioc 2.14（R-3.1）（5年）
执照	艺术2.0
要看	r（> = 3.1），方法，生物基因（> = 0.13.8），S4VECTORS（> = 0.17.25），iranges（> = 2.13.12）
进口	Stats，Stats4，Utils，rcurl，，，，GenomeInfodBdata
链接
建议	基因组机，，，，rsamtools，，，，基因组签名，，，，BSGENOME，，，，GenomicFeatures，，，，BSGENOME.SCEREVISIAE.UCSC.SACCER2，，，，bsgenome.celegans.ucsc.ce2，，，，bsgenome.hsapiens.ncbi.grch38，，，，txdb.dmelanogaster.ucsc.dm3.ensgene，，，，运行，，，，生物使用，，，，尼特
系统要求
增强
URL
取决于我	BSGENOME，，，，Bumphunter，，，，芯片，，，，法典，，，，CSAR，，，，eqtl，，，，基因组签名，，，，GenomicFeatures，，，，基因组机，，，，基因组菌，，，，GMAPR，，，，grohmm，，，，Helloranges，，，，htseqtools，，，，IDEOVIZ，，，，甲基分析，，，，mtseeker，，，，rsamtools，，，，snplocs.hsapiens.dbsnp141.grch38，，，，snplocs.hsapiens.dbsnp142.grch37，，，，变体，，，，xtrasnplocs.hsapiens.dbsnp141.grch38
进口我	等位基因平衡，，，，高山，，，，扩增器，，，，Aneufinder，，，，AnnotationHubdata，，，，Annotatr，，，，atacseqqc，，，，Baalchip，，，，舞会礼服，，，，BasicStarrseq，，，，Biovizbase，，，，Biseq，，，，BNBC，，，，分支机构，，，，Breakpointr，，，，BSGENOME，，，，BSSEQ，，，，Cagefightr，，，，卡格，，，，卡斯珀，，，，cexor，，，，Chimeraviz，，，，chipanalyser，，，，Chipenrich，，，，chipenrich.data，，，，chipexoqual，，，，Chippeakanno，，，，Chipseeker，，，，Chromstar，，，，Chromvar，，，，Cindex，，，，CN. -ops，，，，CNER，，，，cnpbayes，，，，cnvpanelizer，，，，Compepitools，，，，共识，，，，Conumee，，，，copywriter，，，，crisprvariants，，，，CSAW，，，，CustomProdb，，，，深布鲁尔，，，，德芬德，，，，derfinderplot，，，，DESCAN2，，，，Diffhic，，，，diffloop，，，，DMRSCAN，，，，DMRSEQ，，，，多米诺骨牌效应，，，，EasyRnaseq，，，，埃尔默，，，，Ensembldb，，，，ememblvep，，，，Epgenomix，，，，epivizrdata，，，，EPIVIZRSTANTALLONE，，，，Erma，，，，esatac，，，，EventPointer，，，，外观复制，，，，FitCons.UCSC.HG19，，，，Funchip，，，，Funtoonorm，，，，ga4ghclient，，，，ga4ghshiny，，，，GCAPC，，，，GenBankr，，，，基因贡献，，，，Genogam，，，，基因组化，，，，基因组合，，，，Genomicfiles，，，，基因组间，，，，GenomicsCores，，，，Genoset，，，，Genotypeeval，，，，Genvisr，，，，GGBIO，，，，ggtools，，，，GoogleGenomics，，，，gqtlstats，，，，grasp2db，，，，Greylistchip，，，，Guideseq，，，，GVIZ，，，，Gwascat，，，，H5VC，，，，热图，，，，打ic，，，，HITC，，，，htseqgenie，，，，IMAS，，，，inpas，，，，互动集，，，，同工型间分析仪，，，，IVAS，，，，核粒子，，，，ldblock，，，，Macpet，，，，Madseq，，，，mafdb.1kgenomes.phase1.grch38，，，，mafdb.1kgenomes.phase1.hs37d5，，，，mafdb.1kgenomes.phase3.grch38，，，，mafdb.1kgenomes.phase3.hs37d5，，，，mafdb.esp6500si.v2.ssa137.grch38，，，，mafdb.esp6500si.v2.ssa137.hs37d5，，，，mafdb.exac.r1.0.grch38，，，，mafdb.exac.r1.0.hs37d5，，，，mafdb.exac.r1.0.nontcga.grch38，，，，mafdb.exac.r1.0.nontcga.hs37d5，，，，mafdb.gnomad.r2.0.1.grch38，，，，mafdb.gnomad.r2.0.1.hs37d5，，，，mafdb.gnomad.r2.1.hs37d5，，，，mafdb.gnomadex.r2.0.1.grch38，，，，mafdb.gnomadex.r2.0.1.hs37d5，，，，mafdb.gnomadex.r2.1.hs37d5，，，，mafdb.topmed.freeze5.hg19，，，，mafdb.topmed.freeze5.hg38，，，，马瑟，，，，metagene，，，，metavizr，，，，甲基，，，，甲基赫里西氏菌，，，，甲基库，，，，甲基管，，，，甲基菌，，，，methyvim，，，，Minfi，，，，最小值，，，，马赛克，，，，Motifbreakr，，，，MotifMatchr，，，，MSGBSR，，，，mtseekerdata，，，，多希克科姆，，，，突变模式，，，，myvariant，，，，NADFINDER，，，，狭窄，，，，NORMR，，，，核，，，，OMICSPCA，，，，ORFIK，，，，有机体，，，，panelcn.mops，，，，phastcons100way.ucsc.hg19，，，，phastcons100way.ucsc.hg38，，，，phastcons7way.ucsc.hg38，，，，pi，，，，plyranges，，，，podkat，，，，Prebs，，，，蛋白质组学杂志，，，，属属，，，，qpgraph，，，，QSEA，，，，准，，，，R3CPET，，，，R3CSEQ，，，，破烂的经历，，，，Rarevariantvis，，，，稀有，，，，rcade，，，，RCAS，，，，RCGH，，，，叙事，，，，区域人，，，，地区报告，，，，repitools，，，，肋骨蛋白，，，，riboseqr，，，，RJMCMCN核小体，，，，怒吼，，，，rtcgatoolbox，，，，rtracklayer，，，，Scmeth，，，，颈背，，，，片段，，，，Seqarray，，，，seqcat，，，，seqplots，，，，seqsetvis，，，，塞文，，，，sgseq，，，，Shortread，，，，Snpchip，，，，Snphood，，，，snplocs.hsapiens.dbsnp141.grch38，，，，snplocs.hsapiens.dbsnp142.grch37，，，，snplocs.hsapiens.dbsnp144.grch37，，，，snplocs.hsapiens.dbsnp144.grch38，，，，snplocs.hsapiens.dbsnp149.grch38，，，，snplocs.hsapiens.dbsnp150.grch38，，，，snplocs.hsapiens.dbsnp151.grch38，，，，soggi，，，，躯体签名，，，，稀疏，，，，剪接图，，，，碎片，，，，Srnadiff，，，，斯坦，，，，Strandcheckr，，，，总结性特征，，，，tarseqqc，，，，tcgabiolinks，，，，tcgautils，，，，tcgaworkflow，，，，TFBSTOOLS，，，，Titancna，，，，TNT，，，，TrackViewer，，，，transcriptr，，，，Trnascanimport，，，，tsrchitect，，，，TVTB，，，，tximeta，，，，txreginfra，，，，Ularcirc，，，，香草，，，，变体滤波器，，，，变体工具，，，，WigglePlotr，，，，xtrasnplocs.hsapiens.dbsnp141.grch38，，，，xtrasnplocs.hsapiens.dbsnp144.grch37，，，，xtrasnplocs.hsapiens.dbsnp144.grch38，，，，yapsa，，，，yrimulti
建议我	注释，，，，AnnotationHub，，，，Bioconcotk，，，，Chromswitch，，，，实验室，，，，GQTLBASE，，，，QDNASEQ，，，，补偿，，，，tfutils
链接到我
构建报告

包装档案

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源包	GenomeInfodB_1.18.2.tar.gz
Windows二进制	GenomeInfodB_1.18.2.zip
Mac OS X 10.11（El Capitan）	GenomeInfodB_1.18.2.tgz
源存储库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/genomeinfodb
源存储库（开发人员访问）	git clone git@git.bioconductor.org：packages/genomeInfodB
包装短URL	//www.anjoumacpherson.com/packages/genomeinfodb/
软件包下载报告	下载统计