GenomeGraphs

DOI:10.18129 / B9.bioc.GenomeGraphs

这个包是3.8版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅GenomeGraphs。

从运用绘制基因组信息

Bioconductor版本:3.8

基因组数据分析需要综合可视化已知的基因组信息和新的实验数据。GenomeGraphs使用biomaRt包现场表演注释查询来运用和翻译这如基因/记录结构网格图形视窗的包。这导致基因组信息一起绘制数据。GenomeGraphs的另一个优点是绘制不同的数据类型,如全息阵列基因表达,测序和其他数据,一起在一个阴谋使用相同的基因组坐标系统。

作者:史蒂芬Durinck < sdurinck gmail.com >,布拉德布拉德< berkeley.edu >

维护人员:史蒂芬Durinck < sdurinck gmail.com >

安装

安装这个包,开始R(版本“3.5”)并输入:

如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“GenomeGraphs”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“GenomeGraphs”)

PDF	R脚本	GenomeGraphs用户指南
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	微阵列,软件,可视化
版本	1.42.0
Bioconductor自	BioC 2.2 (r - 2.7)(11年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R(> = 2.10),方法,biomaRt、网格
进口
链接
建议
SystemRequirements
增强了
URL
取决于我	Genominator,waveTiling
进口我
建议我	leeBamViews,益生元,益生元,rMAT,三层
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	GenomeGraphs_1.42.0.tar.gz
Windows二进制	GenomeGraphs_1.42.0.zip
Mac OS X 10.11(埃尔卡皮坦)	GenomeGraphs_1.42.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/GenomeGraphs
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ GenomeGraphs
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/GenomeGraphs/
包下载报告	下载数据