GenoGAM

DOI:10.18129 / B9.bioc.GenoGAM

这个包是3.8版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅GenoGAM。

一个基于GAM ChIP-Seq数据的分析框架

Bioconductor版本:3.8

这个包可以统计分析的全基因组数据和平滑函数使用广义可加模型的基础上,实现从R-package“mgcv”。它提供ChIP-Seq数据的统计分析方法包括推断蛋白质的入住率,点态和哪些地区差异分析。分散估计和平滑参数是由交叉验证。扩展广义相加模型拟合的整个染色体是通过并行的重叠基因间隔。

作者:Georg斯特里克(aut (cre),亚历山大·恩格尔哈特(aut),朱利安Gagneur (aut)

维护人员:Georg前锋< Georg。前锋:protonmail.com >

安装

安装这个包,开始R(版本“3.5”)并输入:

如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“GenoGAM”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“GenoGAM”)

HTML	R脚本	建模与GenoGAM ChIP-Seq数据2.0:全基因组广义加性模型
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	ChIPSeq,ChipOnChip,DifferentialExpression,DifferentialPeakCalling,表观遗传学,遗传学,ImmunoOncology,回归,软件,WholeGenome
版本	2.0.3
Bioconductor自	BioC 3.3 (r - 3.3)(3年)
许可证	GPL-2
取决于	R (> = 3.5),SummarizedExperiment(> = 1.1.19),HDF5Array(> = 1.8.0),rhdf5(> = 2.21.6),S4Vectors(> = 0.9.34),矩阵(> = 1.2 8),data.table(> = 1.9.4)
进口	Rcpp(> = 0.12.14),sparseinv(> = 0.1.1),Rsamtools(> = 1.18.2),GenomicRanges(> = 1.23.16),BiocParallel(> = 1.5.17),DESeq2(> = 1.11.23),futile.logger(> = 1.4.1),GenomeInfoDb(> = 1.7.6),GenomicAlignments(> = 1.7.17),IRanges(> = 2.5.30),Biostrings(> = 2.39.14),DelayedArray(> = 0.3.19)、方法、统计数据
链接	Rcpp,RcppArmadillo
建议	BiocStyle,chipseq(> = 1.21.2),迷幻药(> = 3.0.0),genefilter(> = 1.54.2),ggplot2(> =魅惑,testthat,knitr,rmarkdown
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/gstricker/GenoGAM
BugReports	https://github.com/gstricker/GenoGAM/issues
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	GenoGAM_2.0.3.tar.gz
Windows二进制	GenoGAM_2.0.3.zip(32位和64位)
Mac OS X 10.11(埃尔卡皮坦)	GenoGAM_2.0.3.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/GenoGAM
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ GenoGAM
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/GenoGAM/
包下载报告	下载数据